本文主要是介绍c++计算DNA探针的熔解温度，希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值，需要的开发者们随着小编来一起学习吧！
DNA探针的熔解温度（Tm）是指DNA双链在解离过程中的温度，可以用来估计DNA探针与靶序列的结合强度。
DNA探针富集实验中使用的盐浓度通常是在高盐条件下进行的，以帮助DNA与探针结合并提高富集效率。一般来说，盐浓度在0.5 M到1 M之间是常见的范围，但具体的盐浓度会根据实验的具体条件和目的而有所不同。例如，常用的盐包括NaCl和NaI。
DNA探针富集实验中常用的二价阳离子是Mg^2+。Mg^2+离子在DNA结合和酶活性中起着重要作用，因此通常需要在实验中添加适量的Mg^2+。一般来说，Mg^2+的浓度可以在0.5 mM到10 mM范围内变化，具体的浓度取决于实验条件、所用的DNA探针和靶序列的特性以及所需的结合强度等因素。
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// main.cpp
// test3
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// Created by zhengxueming on 2024/4/22.
//#include <iostream>
#include <math.h>
#include <string.h>#define BAIT_ERROR -1using namespace std;double divalentToMonovalent(double divalent, double dntp) {if(divalent==0) dntp=0;if(divalent<0 || dntp<0) return BAIT_ERROR;if(divalent<dntp)/* According to theory, melting temperature does not depend ondivalent cations */divalent=dntp;return 120*(sqrt(divalent-dntp));
}/*
const string seq: The bait DNA sequencedouble salt_conc: Concentration of divalent cations (millimolar).
一般来说，盐浓度在0.5 M到1 M之间是常见的范围常用的盐包括NaCl和NaIdouble dna_conc: DNA concentration (nanomolar).
double divalent_conc: Concentration of divalent cations (millimolar)
double dntp_conc: Concentration of dNTPs (millimolar)*/double
calBaitTm(const string seq, double salt_conc=50,double divalent_conc=0.5, double dntp_conc=0)
{int GC_count = 0;//const char *p, *end;if (divalentToMonovalent(divalent_conc, dntp_conc) == BAIT_ERROR)return BAIT_ERROR;salt_conc = salt_conc + divalentToMonovalent(divalent_conc, dntp_conc);//std::cout << salt_conc << std::endl;/* Length <= 0 is nonsensical. */for (auto base: seq) {if (base == 'G' || base == 'C')GC_count++;}int64_t len = seq.size();//std::cout << len << std::endl;return81.5+ (16.6 * log10(salt_conc / 1000.0))+ (41.0 * (((double) GC_count) / len))- (600.0 / len);
}int main(int argc, const char * argv[]) {// insert code here...const string normal_bait = "ACAAAGAAATCTCATATTGCTAATGAAGTTGAAGAAAATGACAGCATCTTTGTAAAGCTTCTTAAGATATCAGGAATTATTCTTAAAACGGGAGAGAGTCAGAATCAACTAGGTAATATT";const string high_gc_bait = "GCCCGGGGCGCGCGCGCGCGCGCGCAGTTGAAGAAAATGCCCGGGGCGCGCGCGCGCGCGCGCATGCCCGGGGCGCGCGCGCGCGCGCGCATC";const string high_at_bait = "TTGAATAAAATATTGAATAAAATATTGAATAAAATATTGAATAAAATATTGAATAAAATATTGAATAAAATATTGAATAAAATTTGAATAAAATA";std::cout << "normal_bait tm: " << calBaitTm(normal_bait) << std::endl;std::cout << "high_gc_bait tm: " << calBaitTm(high_gc_bait)<< std::endl;std::cout << "high_at_bait tm: " << calBaitTm(high_at_bait)<< std::endl;return 0;
}
这篇关于c++计算DNA探针的熔解温度的文章就介绍到这儿，希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助！
