药物靶点项目常见FAQ

2024-02-29 03:04
文章标签 常见 项目 药物 faq 靶点

本文主要是介绍药物靶点项目常见FAQ,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

1 我想做一个药物的靶点筛选,你们能做嘛?

您这边药物是什么类型的呢?如果是小分子化合物的话,是可以的,可以用我们公司的人类蛋白芯片去筛选直接靶点。也可以用 pull-down+MS 的手段去钓靶点,但是这两种实验都是要在小分子化合物上生物素的。您这边小分子有生物素修饰嘛?

2 小分子有推荐的标记方案吗?

我们可能更推荐可以改善水溶性的方案,因为大部分的小分子水溶性都不太好,而我们后面芯片实验的体系是水溶性的,所以这个方案上更推荐改善水溶性的方案。

3 你们标记后小分子的纯度有多少?有质控证明嘛?

我们标记后的小分子纯度在95%左右,我们提供核磁图和氢谱图。

4 提供的化合物中有很多羟基,怎么保证能得到的是你们提供的方案中的这个化合物呢?

是这样的,您这个化合物中羟基虽然多,但是我们标记的这个羟基的位置和其他的是不同的,是相对较小的,所以我们会控制条件使得标记发生在这个位点上,但是可能也会有两个羟基各种条件完全相同的,那也是有可能标记在另一个上的,但是最后我们会过柱子,保证得到的是一种化合物,标记在一个位点上的化合物的,纯度在95%左右。

5 如何保证化合物手性结构不被破坏?

我们会在低温和近中性条件下进行实验,实验条件参照手性氨基酸的合成,能够保证手性分子的手性不发生消旋化。

6 这个蛋白可以做SPR嘛?

判断一个蛋白是否可以做SPR,先看蛋白的纯度,纯度在85%以上,其次是看一下buffer 部分是否有 tris 及海藻糖等物质。如果没有,且纯度 ok 就可以,如果有tris,可以置换,置换会损耗蛋白,如需置换蛋白,希望客户多提供一些。另外还要查询一下这个蛋白相应的 SPR 的文章看一下是否可以做。

7 这个3个常数的单位又代表什么意思

亲和力=解离平衡常数(KD)=稳态与平衡常数

亲和力:描述配体和分析物分子之间的结合强度,浓度单位M,数值越小结合越强。

Kd (s-1)是解离速率常数;Ka (M-1s-1)是结合速率常数;KD=kd/ka描述分析物与配体之间结合的速率 ka 和解离的速率kd。动力学常数是亲和力之外,表征分子结合/复合物稳定性的重要信息。相同的亲和力有可能具有完全不同的动力学特征。

8 偶联量富集、偶联这大约是个什么样的流程,作用是什么?

理论偶联量:根据小分子的分子量与蛋白的分子量进行公式计算,来预估其偶联量。配体偶联水平决定了芯片表面与分析物间的结合容量。

富集:计算小分子与蛋白(或其他) 理论偶联量之后进行的预实验,根据预实验的浓度以及偶联值(与理论偶联值相比),来探索上样的浓度梯度范围。

预富集的目的: 在化学偶联过程, 通过静电作用吸附并提高芯片表面附近的 配体浓度,从而提高偶联的效率和减少配体消耗。

富集和偶联是一个意思。

9 芯片再生和不再生的目的是什么?

将与配体结合的残留的分析物分子从芯片表面彻底除去, 必须保持芯片上配 体分子的活性,有效的再生对获得高质量的分析数据至关重要!蛋白与蛋白结合实验时需要芯片再生。

10 SPR可以提供哪些信息?

  1. 两者之间有无结合
  2. 两种分子的结合强度--亲和力

11 做pull-down也需要进行标记吗?

是的,因为pull-down的原理上也是需要一个抓手的,把小分子固定在珠子上。所以也是需要生物素标记的。(以下图为示意图,实际操作以实验为准)

12 蛋白互做可以用 pull down 验证嘛?

如果做蛋白互做验证的话一个是做SPR (需要购买两种纯化蛋白成本可能较高)验证直接结合另外就是可以做蛋白的pull down +wb (需要购买目的蛋白的纯化蛋白+另外一个蛋白的抗体)或者做coip+wb(购买两个蛋白的抗体)。

这篇关于药物靶点项目常见FAQ的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/757386

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