R语言【rgbif】——如何从GBIF网站上获取大量数据?

2024-02-27 16:28

本文主要是介绍R语言【rgbif】——如何从GBIF网站上获取大量数据?,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

Package rgbif version 3.7.9


Description

GBIF提供了两种获取分布数据的方法:通过/occurrence/search路径(参见occ_search()),或者通过/occurrence/download(参见下面的许多函数)。

occ_search()更适合较小的数据,而occ_download*()函数更适合较大的数据请求。


Settings

您将使用occ_download()启动下载。您需要从您的GBIF配置文件中提供该功能设置:您的用户名、密码和电子邮件。使用该功能需要设置这三项。您可以通过以下三种方式之一指定它们:

  • 将它们作为参数传递给 occ_download 

  • 使用R选项:在当前R会话中使用options()函数作为选项,或者在.Rprofile文件中设置它们,之后它们将被自动读入

  • 使用环境变量:在当前R会话中使用Sys.setenv()函数作为环境变量,或者在. Renviron /.bash_profile或类似的文件中设置它们,之后它们将自动读入


Beware

你不能执行那么多下载,所以要明智地计划。请参阅下面的速率限制。


Rate limiting

如果你试图启动太多的下载,你会收到420 "Enhance Your Calm"回应。如果所有GBIF用户的总数少于100个,那么一次可以运行3个。如果有更多,那么每个用户只能被限制为1个。这些数字可能会有变化。


Functions

occ_download():开始下载

occ_download_prep():准备下载请求

occ_download_queue():在队列中启动多个下载

occ_download_cached():检查GBIF帐户中已经下载的文件

occ_download_wait():重新运行occ download meta(),直到准备好

occ_download_meta():获取单次下载的元数据进度

occ_download_list():列出你的下载

occ_download_cancel():取消一个下载

occ_download_cancel_staged():取消状态为RUNNING或PREPARING的作业

occ_download_get():检索下载

occ_download_import():从本地文件系统导入下载文件

occ_download_datasets():列出可供下载的数据集

occ_download_datasets_activity():列出数据集的下载活动


Query length

GBIF对下载查询的限制为12,000个字符。这意味着你可以有一个相当长的查询,但在某些时候,它可能会导致GBIF方面的错误,你将不得不把你的查询分成几个。


Download status

以下状态可以在任何下载中找到:

  • PREPARING:刚刚由用户提交并等待处理(通常只有几秒钟)
  • RUNNING:创建过程(通常需要1-15分钟)
  • FAILED:发生了意想不到的事情
  • KILLED:用户决定在作业处于准备或运行阶段时中止作业
  • SUCCEEDED:已创建下载并通知用户
  • FILE_EARSED:根据保留策略删除下载,参见https://www.gbif.org/faq?question=for-how-long-will-does-gbif-store-downloads

这篇关于R语言【rgbif】——如何从GBIF网站上获取大量数据?的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/752987

相关文章

SpringBoot整合mybatisPlus实现批量插入并获取ID详解

《SpringBoot整合mybatisPlus实现批量插入并获取ID详解》这篇文章主要为大家详细介绍了SpringBoot如何整合mybatisPlus实现批量插入并获取ID,文中的示例代码讲解详细... 目录【1】saveBATch(一万条数据总耗时:2478ms)【2】集合方式foreach(一万条数

python获取网页表格的多种方法汇总

《python获取网页表格的多种方法汇总》我们在网页上看到很多的表格,如果要获取里面的数据或者转化成其他格式,就需要将表格获取下来并进行整理,在Python中,获取网页表格的方法有多种,下面就跟随小编... 目录1. 使用Pandas的read_html2. 使用BeautifulSoup和pandas3.

SpringBoot UserAgentUtils获取用户浏览器的用法

《SpringBootUserAgentUtils获取用户浏览器的用法》UserAgentUtils是于处理用户代理(User-Agent)字符串的工具类,一般用于解析和处理浏览器、操作系统以及设备... 目录介绍效果图依赖封装客户端工具封装IP工具实体类获取设备信息入库介绍UserAgentUtils

Pandas统计每行数据中的空值的方法示例

《Pandas统计每行数据中的空值的方法示例》处理缺失数据(NaN值)是一个非常常见的问题,本文主要介绍了Pandas统计每行数据中的空值的方法示例,具有一定的参考价值,感兴趣的可以了解一下... 目录什么是空值?为什么要统计空值?准备工作创建示例数据统计每行空值数量进一步分析www.chinasem.cn处

C语言中位操作的实际应用举例

《C语言中位操作的实际应用举例》:本文主要介绍C语言中位操作的实际应用,总结了位操作的使用场景,并指出了需要注意的问题,如可读性、平台依赖性和溢出风险,文中通过代码介绍的非常详细,需要的朋友可以参... 目录1. 嵌入式系统与硬件寄存器操作2. 网络协议解析3. 图像处理与颜色编码4. 高效处理布尔标志集合

如何使用 Python 读取 Excel 数据

《如何使用Python读取Excel数据》:本文主要介绍使用Python读取Excel数据的详细教程,通过pandas和openpyxl,你可以轻松读取Excel文件,并进行各种数据处理操... 目录使用 python 读取 Excel 数据的详细教程1. 安装必要的依赖2. 读取 Excel 文件3. 读

Go语言开发实现查询IP信息的MCP服务器

《Go语言开发实现查询IP信息的MCP服务器》随着MCP的快速普及和广泛应用,MCP服务器也层出不穷,本文将详细介绍如何在Go语言中使用go-mcp库来开发一个查询IP信息的MCP... 目录前言mcp-ip-geo 服务器目录结构说明查询 IP 信息功能实现工具实现工具管理查询单个 IP 信息工具的实现服

Spring 请求之传递 JSON 数据的操作方法

《Spring请求之传递JSON数据的操作方法》JSON就是一种数据格式,有自己的格式和语法,使用文本表示一个对象或数组的信息,因此JSON本质是字符串,主要负责在不同的语言中数据传递和交换,这... 目录jsON 概念JSON 语法JSON 的语法JSON 的两种结构JSON 字符串和 Java 对象互转

C 语言中enum枚举的定义和使用小结

《C语言中enum枚举的定义和使用小结》在C语言里,enum(枚举)是一种用户自定义的数据类型,它能够让你创建一组具名的整数常量,下面我会从定义、使用、特性等方面详细介绍enum,感兴趣的朋友一起看... 目录1、引言2、基本定义3、定义枚举变量4、自定义枚举常量的值5、枚举与switch语句结合使用6、枚

C++如何通过Qt反射机制实现数据类序列化

《C++如何通过Qt反射机制实现数据类序列化》在C++工程中经常需要使用数据类,并对数据类进行存储、打印、调试等操作,所以本文就来聊聊C++如何通过Qt反射机制实现数据类序列化吧... 目录设计预期设计思路代码实现使用方法在 C++ 工程中经常需要使用数据类,并对数据类进行存储、打印、调试等操作。由于数据类