本文主要是介绍R语言【taxlist】——tax2traits():将分类信息设置为分类单元特征,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!
Package taxlist version 0.2.4
Description
分类法分类可以包含在taxonRelations插槽提供的信息中的 taxlist 对象中。然而,对于统计分析来说,将这些信息插入到插槽taxonTraits中可能更方便。
Usage
tax2traits(object, ...)## S3 method for class 'taxlist'
tax2traits(object, get_names = FALSE, ...)
Arguments
参数【object】:一个 taxlist 对象。
参数【...】:在方法之间传递的进一步参数。
参数【get_names】:指示是否应该检索分类单元名称而不是分类单元id的逻辑值。
Details
此函数只能应用于包含父子关系和分类级别信息的对象。
Value
类taxlist的对象,将分类法添加为特征。
Examples
Acanthaceae <- subset(x = Easplist, subset = TaxonName == "Acanthaceae",slot = "names", keep_children = TRUE)
summary(Acanthaceae)
object size: 29.9 Kb validation of 'taxlist' object: TRUE number of taxon usage names: 143 number of taxon concepts: 113 trait entries: 9 number of trait variables: 1 taxon views: 3 concepts with parents: 112 concepts with children: 28 hierarchical levels: form < variety < subspecies < species < complex < genus < family number of concepts in level form: 0 number of concepts in level variety: 2 number of concepts in level subspecies: 3 number of concepts in level species: 84 number of concepts in level complex: 0 number of concepts in level genus: 23 number of concepts in level family: 1
Acanthaceae <- tax2traits(Acanthaceae, get_names = TRUE)
head(taxon_traits(Acanthaceae))
TaxonConceptID life_form variety subspecies species genus 14 59 obligate_annual <NA> <NA> Asystasia gangetica Asystasia 15 60 obligate_annual <NA> <NA> Asystasia mysurensis Asystasia 97 319 obligate_annual <NA> <NA> Hygrophila auriculata Hygrophila 108 341 phanerophyte <NA> <NA> Justicia betonica Justicia 238 50264 climbing_plant <NA> <NA> Thunbergia alata Thunbergia 241 50423 phanerophyte <NA> <NA> Hypoestes aristata Hypoestesfamily 14 Acanthaceae 15 Acanthaceae 97 Acanthaceae 108 Acanthaceae 238 Acanthaceae 241 Acanthaceae
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