Gromacs 布朗动力学模拟 Gromacs安装教程 虚拟机安装 VMware Workstation Pro任选版本 Linux CentOS7 Ubunto Xshell和Xftp安装

本文主要是介绍Gromacs 布朗动力学模拟 Gromacs安装教程 虚拟机安装 VMware Workstation Pro任选版本 Linux CentOS7 Ubunto Xshell和Xftp安装,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

主题简述

Gromacs是研究生物大分子体系的动力学模拟软件,在国内外有着广泛的应用。目前Gromacs只发布了基于Linux/Unix的安装程序包,本教程将介绍在VMware虚拟机上安装Gromacs正式版本2019.6。

工具/原料

  • VMware 虚拟机容器和Linux系统CentOS7对应镜像文件——官网下载

  • CmakeGromacs程序包——官网下载(Gromacs官网和cmake官网下载安装程序包(http://manual.gromacs.org/documentation/ 以及 https://cmake.org/download/

  • Xshell和Xftp工具——自己学习建议去某宝上买一个永久激活的版本

方法/步骤

首先确保已安装好VMware虚拟机和CentOS操作系统(如下图,无关键要的地方做了打码)。
在这里插入图片描述

Gromacs详细安装教程

检查和安装C/C++

  • 检查C/C++:
$ gcc -v
  • 安装C/C++:
$ sudo yum install gcc  (这里sudo是获取临时root权限,需要管理员密码;另外用"su"命令进行root操作也可以)
  • 检查和安装Cmake

检查cmake:

$ cmake -version

如果没有安装cmake或版本过低,需要到网上下载,yum资源库中的cmake版本一般较低:

下载安装包: https://cmake.org/files/v3.10/cmake-3.10.2-Linux-x86_64.tar.gz
(用系统自带的下载工具下载)

  • 安装过程:
$ tar zxvf cmake-3.10.2-Linux-x86_64.tar.gz  (解压安装包)$ cd cmake-3.10.2-Linux-x86_64  (进入目录)$ ./bootstrap$ make$ sudo make install

Gromacs详细安装教程

安装Gromacs

官网下载

下载安称耍装包: http://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-2019.6.tar.gz
(用辞泥系统自带的下载工具下载) (如下图)

  • 开始安装gromacs
$   tar xfz gromacs-2019.6.tar.gz  (解压安装包)$   cd gromacs-2019.6   (进入目录)$   mkdir build    (新建文件夹build)  (如下图)$   cd build     (进入目录)$   cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/gromacs-2019.6  (要求安装过程中自动下载FFTW库文件,指定程序安装到目录/usr/local/gromacs-2019.6)$   make   (编译时间比较长)$   make check $   sudo make install   (安装)
  • 设置私有环境变量

安装好后,需要设置环境变量,以便bash调用:

$  cd   (回到个人目录,例如:/home/user/)$  vi .bash_profile   (用vi 编辑.bash_profile文件) (如下图)在.bash_profile文档的末行添加(如下图): source /usr/local/gromacs-2019.6/bin/GMXRC 。添加完后按"Shift"+":"并输入"wq!"保存退出。重新启动bash:$  logout    (注销并重新登录)
  • 安装后查看

查看gromacs是否正确安装(如下图)
在这里插入图片描述

$ gmx -version (可以看到刚才安装的Gromacs版本)

查看动力学程序mdrun是否可用:

$ gmx mdrun -h

以上总结是由本人一整套从安装VMware——安装Linux系统——CentOS7系统——Gromacs安装失败后的解决办法。

  • 有计算机基础的友友可以自行安装虚拟机以及根据教程自己来研究:
  • 有经济基础的或者不行走麻烦路的友友可以根据下面的搜索去找对应的技术人员安装即可

通过搜索“Gromacs 远程安装 Linux系统 布朗动力学模拟 分子动力学模拟分析”或者“虚拟机安装 VMware Workstation Pro任选版本 Win Linux Ubunto”找到一家可以通过安装虚拟机解决问题的小店。
在这里插入图片描述

下期会提供一份Linux虚拟机安装的教程。

这篇关于Gromacs 布朗动力学模拟 Gromacs安装教程 虚拟机安装 VMware Workstation Pro任选版本 Linux CentOS7 Ubunto Xshell和Xftp安装的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/589949

相关文章

如何为Yarn配置国内源的详细教程

《如何为Yarn配置国内源的详细教程》在使用Yarn进行项目开发时,由于网络原因,直接使用官方源可能会导致下载速度慢或连接失败,配置国内源可以显著提高包的下载速度和稳定性,本文将详细介绍如何为Yarn... 目录一、查询当前使用的镜像源二、设置国内源1. 设置为淘宝镜像源2. 设置为其他国内源三、还原为官方

最详细安装 PostgreSQL方法及常见问题解决

《最详细安装PostgreSQL方法及常见问题解决》:本文主要介绍最详细安装PostgreSQL方法及常见问题解决,介绍了在Windows系统上安装PostgreSQL及Linux系统上安装Po... 目录一、在 Windows 系统上安装 PostgreSQL1. 下载 PostgreSQL 安装包2.

Maven如何手动安装依赖到本地仓库

《Maven如何手动安装依赖到本地仓库》:本文主要介绍Maven如何手动安装依赖到本地仓库问题,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助,如有错误或未考虑完全的地方,望不吝赐教... 目录一、下载依赖二、安装 JAR 文件到本地仓库三、验证安装四、在项目中使用该依赖1、注意事项2、额外提示总结一、下载依赖登

CentOS7更改默认SSH端口与配置指南

《CentOS7更改默认SSH端口与配置指南》SSH是Linux服务器远程管理的核心工具,其默认监听端口为22,由于端口22众所周知,这也使得服务器容易受到自动化扫描和暴力破解攻击,本文将系统性地介绍... 目录引言为什么要更改 SSH 默认端口?步骤详解:如何更改 Centos 7 的 SSH 默认端口1

Maven的使用和配置国内源的保姆级教程

《Maven的使用和配置国内源的保姆级教程》Maven是⼀个项目管理工具,基于POM(ProjectObjectModel,项目对象模型)的概念,Maven可以通过一小段描述信息来管理项目的构建,报告... 目录1. 什么是Maven?2.创建⼀个Maven项目3.Maven 核心功能4.使用Maven H

Linux命令之firewalld的用法

《Linux命令之firewalld的用法》:本文主要介绍Linux命令之firewalld的用法,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助,如有错误或未考虑完全的地方,望不吝赐教... 目录linux命令之firewalld1、程序包2、启动firewalld3、配置文件4、firewalld规则定义的九大

Linux之计划任务和调度命令at/cron详解

《Linux之计划任务和调度命令at/cron详解》:本文主要介绍Linux之计划任务和调度命令at/cron的使用,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助,如有错误或未考虑完全的地方,望不吝赐教... 目录linux计划任务和调度命令at/cron一、计划任务二、命令{at}介绍三、命令语法及功能 :at

Linux下如何使用C++获取硬件信息

《Linux下如何使用C++获取硬件信息》这篇文章主要为大家详细介绍了如何使用C++实现获取CPU,主板,磁盘,BIOS信息等硬件信息,文中的示例代码讲解详细,感兴趣的小伙伴可以了解下... 目录方法获取CPU信息:读取"/proc/cpuinfo"文件获取磁盘信息:读取"/proc/diskstats"文

Linux内核参数配置与验证详细指南

《Linux内核参数配置与验证详细指南》在Linux系统运维和性能优化中,内核参数(sysctl)的配置至关重要,本文主要来聊聊如何配置与验证这些Linux内核参数,希望对大家有一定的帮助... 目录1. 引言2. 内核参数的作用3. 如何设置内核参数3.1 临时设置(重启失效)3.2 永久设置(重启仍生效

IDEA自动生成注释模板的配置教程

《IDEA自动生成注释模板的配置教程》本文介绍了如何在IntelliJIDEA中配置类和方法的注释模板,包括自动生成项目名称、包名、日期和时间等内容,以及如何定制参数和返回值的注释格式,需要的朋友可以... 目录项目场景配置方法类注释模板定义类开头的注释步骤类注释效果方法注释模板定义方法开头的注释步骤方法注