C++扩展python(三)boost.Python实现(附swig比较)

2023-12-27 02:32

本文主要是介绍C++扩展python(三)boost.Python实现(附swig比较),希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

本文98%内容转载自博客:https://www.jianshu.com/p/1b4235c90567

除了可以使用 SWIG 包装 C/C++ 之外,还可以使用 C++ 的 boost.Python 库包装 C/C++ MPI 程序以供 mpi4py 调用。

关于各种包装方式的优缺点可以看这一篇博客,或者这一篇。

 

话不多说下面我们以包装 C++ MPI 程序为例对此进行介绍。

Boost.Python 是 C++ 的 Boost 库的一部分,用来在 C++ 代码中调用 Python 代码以及在 Python 代码中调用 C++ 代码,并且避免用户直接操作指针。Boost.Python 库可以让 C++ 和 Python 几乎无缝结合。这里不介绍 Boost.Python 的详细使用方法,感兴趣的读者可以参考其文档。我们只会以简单的例子展示如何使用 Boost.Python 库包装 C/C++ MPI 程序以供 mpi4py 调用。

假设我们有以下使用了 Boost.Python 的 C++ 程序文件 helloworld.cxx,其中定义了函数 sayhello,其接受一个 MPI 通信子作为参数。

// helloworld.cxx#include <mpi.h>
#include <iostream>static void sayhello(MPI_Comm comm)
{if (comm == MPI_COMM_NULL) {std::cout << "You passed MPI_COMM_NULL !!!" << std::endl;return;}int size;MPI_Comm_size(comm, &size);int rank;MPI_Comm_rank(comm, &rank);int plen; char pname[MPI_MAX_PROCESSOR_NAME];MPI_Get_processor_name(pname, &plen);std::cout <<"Hello, World! " <<"I am process "  << rank  <<" of "           << size  <<" on  "          << pname <<"."              << std::endl;
}#include <boost/python.hpp>
#include <mpi4py/mpi4py.h>
using namespace boost::python;static void hw_sayhello(object py_comm)
{PyObject* py_obj = py_comm.ptr();MPI_Comm *comm_p = PyMPIComm_Get(py_obj);if (comm_p == NULL) throw_error_already_set();sayhello(*comm_p);
}BOOST_PYTHON_MODULE(helloworld)
{if (import_mpi4py() < 0) return; /* Python 2.X */def("sayhello", hw_sayhello);
}/** Local Variables:* mode: C++* End:*/

我们要将其编译成扩展模块 helloworld.so 以供 mpi4py 程序调用,可以使用类似于以下的编译命令(注意将其中的头文件路径改成你的系统中实际的路径):

$ mpicxx -I/path/to/python/include/python2.7  -I/path/to/python/lib/python2.7/site-packages/mpi4py/include -o helloworld.so helloworld.cxx -fPIC -shared -lpthread -ldl -lutil -lm -lpython2.7 -lboost_python -lboost_python-mt

这编译命令与前两篇中使用的编译命令非常类似,不同的是,对 C++ 程序,这里使用的是 mpicxx 编译器,另外除了指定 Python.h 和 mpi4py.h 的头文件路径及链接 python2.7 等库文件外,还需额外链接 boost_python 和 boost_python-mt 库文件,因为这里我们是使用 Boost.Python 库来包装的。

编译成功后会生成扩展模块 helloworld.so,然后就可以在我们的 mpi4py 程序中像使用其它 Python 模块一样导入该模块并调用该模块中定义的 sayhello 函数,可以向此函数传递一个 mpi4py 中定义的通信子,如 MPI.COMM_WORLD 或者其它通信子对象。例如使用以下的 test 例程:

# test.pyfrom mpi4py import MPI
import helloworld as hwnull = MPI.COMM_NULL
hw.sayhello(null)comm = MPI.COMM_WORLD
hw.sayhello(comm)try:hw.sayhello(list())
except:pass
else:assert 0, "exception not raised"

执行结果如下:

 

$ mpiexec -n 4 python test.py
You passed MPI_COMM_NULL !!!
Hello, World! I am process 1 of 4 on  node2.
You passed MPI_COMM_NULL !!!
Hello, World! I am process 2 of 4 on  node2.
You passed MPI_COMM_NULL !!!
Hello, World! I am process 3 of 4 on  node2.
You passed MPI_COMM_NULL !!!
Hello, World! I am process 0 of 4 on  node2.

为了方便,我们也可以编写如下 Makefile 以简化上述操作(注意其中使用了在上一篇中介绍的 python-config 文件):

 

# Makefile.PHONY: default
default: build test cleanPYTHON = python
PYTHON_CONFIG = ${PYTHON} ./python-config
MPI4PY_INCLUDE = ${shell ${PYTHON} -c 'import mpi4py; print( mpi4py.get_include() )'}
BOOST_INCS =
BOOST_LIBS = -lboost_python -lboost_python-mtMPICXX = mpicxx
CXXFLAGS = -fPIC ${shell ${PYTHON_CONFIG} --includes} ${BOOST_INCS}
LDFLAGS = -shared ${shell ${PYTHON_CONFIG} --libs} ${BOOST_LIBS}
SO = ${shell ${PYTHON_CONFIG} --extension-suffix}
.PHONY: build
build: helloworld${SO}
helloworld${SO}: helloworld.cxx${MPICXX} ${CXXFLAGS} -I${MPI4PY_INCLUDE} -o $@ $< ${LDFLAGS}MPIEXEC = mpiexec
NP_FLAG = -n
NP = 5
.PHONY: test
test: build${MPIEXEC} ${NP_FLAG} ${NP} ${PYTHON} test.py.PHONY: clean
clean:${RM} helloworld${SO}

编译扩展库,执行程序及清理可以分别使用如下命令:

 

$ make build
$ make test
$ make clean

 

ps:虽然boost.Python据说扩展性不错,但是鉴于我目前的水平,还是最终选择swig来实现吧,我看openmm其实也使用了swig,毕竟以后跟它一起走,那就和(tou)谐(lan)一点哈哈哈。

 

感谢原文博主!

这篇关于C++扩展python(三)boost.Python实现(附swig比较)的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/541618

相关文章

Java的volatile和sychronized底层实现原理解析

《Java的volatile和sychronized底层实现原理解析》文章详细介绍了Java中的synchronized和volatile关键字的底层实现原理,包括字节码层面、JVM层面的实现细节,以... 目录1. 概览2. Synchronized2.1 字节码层面2.2 JVM层面2.2.1 ente

讯飞webapi语音识别接口调用示例代码(python)

《讯飞webapi语音识别接口调用示例代码(python)》:本文主要介绍如何使用Python3调用讯飞WebAPI语音识别接口,重点解决了在处理语音识别结果时判断是否为最后一帧的问题,通过运行代... 目录前言一、环境二、引入库三、代码实例四、运行结果五、总结前言基于python3 讯飞webAPI语音

基于Python开发PDF转PNG的可视化工具

《基于Python开发PDF转PNG的可视化工具》在数字文档处理领域,PDF到图像格式的转换是常见需求,本文介绍如何利用Python的PyMuPDF库和Tkinter框架开发一个带图形界面的PDF转P... 目录一、引言二、功能特性三、技术架构1. 技术栈组成2. 系统架构javascript设计3.效果图

Linux下修改hostname的三种实现方式

《Linux下修改hostname的三种实现方式》:本文主要介绍Linux下修改hostname的三种实现方式,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助,如有错误或未考虑完全的地方,望不吝赐教... 目录linux下修改ho编程stname三种方式方法1:修改配置文件方法2:hFvEWEostnamectl命

Java实现数据库图片上传功能详解

《Java实现数据库图片上传功能详解》这篇文章主要为大家详细介绍了如何使用Java实现数据库图片上传功能,包含从数据库拿图片传递前端渲染,感兴趣的小伙伴可以跟随小编一起学习一下... 目录1、前言2、数据库搭建&nbsChina编程p; 3、后端实现将图片存储进数据库4、后端实现从数据库取出图片给前端5、前端拿到

Java实现将byte[]转换为File对象

《Java实现将byte[]转换为File对象》这篇文章将通过一个简单的例子为大家演示Java如何实现byte[]转换为File对象,并将其上传到外部服务器,感兴趣的小伙伴可以跟随小编一起学习一下... 目录前言1. 问题背景2. 环境准备3. 实现步骤3.1 从 URL 获取图片字节数据3.2 将字节数组

Win32下C++实现快速获取硬盘分区信息

《Win32下C++实现快速获取硬盘分区信息》这篇文章主要为大家详细介绍了Win32下C++如何实现快速获取硬盘分区信息,文中的示例代码讲解详细,感兴趣的小伙伴可以跟随小编一起学习一下... 实现代码CDiskDriveUtils.h#pragma once #include <wtypesbase

Nginx实现前端灰度发布

《Nginx实现前端灰度发布》灰度发布是一种重要的策略,它允许我们在不影响所有用户的情况下,逐步推出新功能或更新,通过灰度发布,我们可以测试新版本的稳定性和性能,下面就来介绍一下前端灰度发布的使用,感... 目录前言一、基于权重的流量分配二、基于 Cookie 的分流三、基于请求头的分流四、基于请求参数的分

Python如何在Word中生成多种不同类型的图表

《Python如何在Word中生成多种不同类型的图表》Word文档中插入图表不仅能直观呈现数据,还能提升文档的可读性和专业性,本文将介绍如何使用Python在Word文档中创建和自定义各种图表,需要的... 目录在Word中创建柱形图在Word中创建条形图在Word中创建折线图在Word中创建饼图在Word

Python Excel实现自动添加编号

《PythonExcel实现自动添加编号》这篇文章主要为大家详细介绍了如何使用Python在Excel中实现自动添加编号效果,文中的示例代码讲解详细,感兴趣的小伙伴可以跟随小编一起学习一下... 目录1、背景介绍2、库的安装3、核心代码4、完整代码1、背景介绍简单的说,就是在Excel中有一列h=会有重复