本文主要是介绍C++扩展python(三)boost.Python实现(附swig比较),希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!
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除了可以使用 SWIG 包装 C/C++ 之外,还可以使用 C++ 的 boost.Python 库包装 C/C++ MPI 程序以供 mpi4py 调用。
关于各种包装方式的优缺点可以看这一篇博客,或者这一篇。
话不多说下面我们以包装 C++ MPI 程序为例对此进行介绍。
Boost.Python 是 C++ 的 Boost 库的一部分,用来在 C++ 代码中调用 Python 代码以及在 Python 代码中调用 C++ 代码,并且避免用户直接操作指针。Boost.Python 库可以让 C++ 和 Python 几乎无缝结合。这里不介绍 Boost.Python 的详细使用方法,感兴趣的读者可以参考其文档。我们只会以简单的例子展示如何使用 Boost.Python 库包装 C/C++ MPI 程序以供 mpi4py 调用。
假设我们有以下使用了 Boost.Python 的 C++ 程序文件 helloworld.cxx,其中定义了函数 sayhello,其接受一个 MPI 通信子作为参数。
// helloworld.cxx#include <mpi.h>
#include <iostream>static void sayhello(MPI_Comm comm)
{if (comm == MPI_COMM_NULL) {std::cout << "You passed MPI_COMM_NULL !!!" << std::endl;return;}int size;MPI_Comm_size(comm, &size);int rank;MPI_Comm_rank(comm, &rank);int plen; char pname[MPI_MAX_PROCESSOR_NAME];MPI_Get_processor_name(pname, &plen);std::cout <<"Hello, World! " <<"I am process " << rank <<" of " << size <<" on " << pname <<"." << std::endl;
}#include <boost/python.hpp>
#include <mpi4py/mpi4py.h>
using namespace boost::python;static void hw_sayhello(object py_comm)
{PyObject* py_obj = py_comm.ptr();MPI_Comm *comm_p = PyMPIComm_Get(py_obj);if (comm_p == NULL) throw_error_already_set();sayhello(*comm_p);
}BOOST_PYTHON_MODULE(helloworld)
{if (import_mpi4py() < 0) return; /* Python 2.X */def("sayhello", hw_sayhello);
}/** Local Variables:* mode: C++* End:*/
我们要将其编译成扩展模块 helloworld.so 以供 mpi4py 程序调用,可以使用类似于以下的编译命令(注意将其中的头文件路径改成你的系统中实际的路径):
$ mpicxx -I/path/to/python/include/python2.7 -I/path/to/python/lib/python2.7/site-packages/mpi4py/include -o helloworld.so helloworld.cxx -fPIC -shared -lpthread -ldl -lutil -lm -lpython2.7 -lboost_python -lboost_python-mt
这编译命令与前两篇中使用的编译命令非常类似,不同的是,对 C++ 程序,这里使用的是 mpicxx 编译器,另外除了指定 Python.h 和 mpi4py.h 的头文件路径及链接 python2.7 等库文件外,还需额外链接 boost_python 和 boost_python-mt 库文件,因为这里我们是使用 Boost.Python 库来包装的。
编译成功后会生成扩展模块 helloworld.so,然后就可以在我们的 mpi4py 程序中像使用其它 Python 模块一样导入该模块并调用该模块中定义的 sayhello 函数,可以向此函数传递一个 mpi4py 中定义的通信子,如 MPI.COMM_WORLD 或者其它通信子对象。例如使用以下的 test 例程:
# test.pyfrom mpi4py import MPI
import helloworld as hwnull = MPI.COMM_NULL
hw.sayhello(null)comm = MPI.COMM_WORLD
hw.sayhello(comm)try:hw.sayhello(list())
except:pass
else:assert 0, "exception not raised"
执行结果如下:
$ mpiexec -n 4 python test.py
You passed MPI_COMM_NULL !!!
Hello, World! I am process 1 of 4 on node2.
You passed MPI_COMM_NULL !!!
Hello, World! I am process 2 of 4 on node2.
You passed MPI_COMM_NULL !!!
Hello, World! I am process 3 of 4 on node2.
You passed MPI_COMM_NULL !!!
Hello, World! I am process 0 of 4 on node2.
为了方便,我们也可以编写如下 Makefile 以简化上述操作(注意其中使用了在上一篇中介绍的 python-config 文件):
# Makefile.PHONY: default
default: build test cleanPYTHON = python
PYTHON_CONFIG = ${PYTHON} ./python-config
MPI4PY_INCLUDE = ${shell ${PYTHON} -c 'import mpi4py; print( mpi4py.get_include() )'}
BOOST_INCS =
BOOST_LIBS = -lboost_python -lboost_python-mtMPICXX = mpicxx
CXXFLAGS = -fPIC ${shell ${PYTHON_CONFIG} --includes} ${BOOST_INCS}
LDFLAGS = -shared ${shell ${PYTHON_CONFIG} --libs} ${BOOST_LIBS}
SO = ${shell ${PYTHON_CONFIG} --extension-suffix}
.PHONY: build
build: helloworld${SO}
helloworld${SO}: helloworld.cxx${MPICXX} ${CXXFLAGS} -I${MPI4PY_INCLUDE} -o $@ $< ${LDFLAGS}MPIEXEC = mpiexec
NP_FLAG = -n
NP = 5
.PHONY: test
test: build${MPIEXEC} ${NP_FLAG} ${NP} ${PYTHON} test.py.PHONY: clean
clean:${RM} helloworld${SO}
编译扩展库,执行程序及清理可以分别使用如下命令:
$ make build
$ make test
$ make clean
ps:虽然boost.Python据说扩展性不错,但是鉴于我目前的水平,还是最终选择swig来实现吧,我看openmm其实也使用了swig,毕竟以后跟它一起走,那就和(tou)谐(lan)一点哈哈哈。
感谢原文博主!
这篇关于C++扩展python(三)boost.Python实现(附swig比较)的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!