吐槽一个 R package :DSS

2023-11-20 20:01
文章标签 package 吐槽 dss

本文主要是介绍吐槽一个 R package :DSS,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

TMD!!!

前言

最近在整理WGBS分析的流程,下游需要找 Differentially Methylated Loci (DML) / Region (DMR),类似普通转录组中的差异分析。之前看的一篇文章提到一个R package : DSS,看Bioconductor 的教程:近期更新的,写的还不错,所以我就试了一下,结果就是 196 cores的服务器直接卡死
在这里插入图片描述

196 cores 的服务器直接卡死

DSS github 地址:https://github.com/haowulab/DSS
在这里插入图片描述
??? 代码这么写?196 个 core,直接用193个?然后R中并行,直接内存爆炸!!正常人的思维难道不是默认1,根据使用者需求而提升么?还有12个star ?

再看看另一个工具:methylKit
在这里插入图片描述
这才是正常思维好吧!!

反思

当然,事情的发生也怪我,在使用之前没有认认真真的、仔仔细细的、好好的看他的文档和代码,TMD!!!

这篇关于吐槽一个 R package :DSS的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/397101

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