本文主要是介绍eDNA放大招:看完这篇文献,你的茶包还香吗?,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!
eDNA在过去几年彻底改变了生物监测领域,一起来看它在生活中的应用吧。节肢动物(无脊椎动物,如昆虫、甲壳类等)在全球生态系统平衡维护中发挥重要作用。eDNA作为传统节肢动物监测的替代方案发挥出巨大的潜力。
最近一项发表于《Biology Letters》(生物学通讯)的研究表明,干植物材料含有丰富的昆虫类eDNA痕迹,是一种前景十分广阔的材料。该研究发现在日常生活中使用非常多的茶包中竟然隐藏了400多种昆虫的DNA!!
1.样本来源
4种来自当地商店的干燥植物样本40份(绿茶茶包、甘菊、薄荷叶和欧芹)
2.引物情况
引物情况:研究根据Drosophila melanogaster(黑腹果蝇)线粒体基因组设计了三对COI基因引物,具体如下:
3.研究结果
样本中总共发现3264个节肢动物OTUs(3纲22目281科1068属1279种),包括食草动物、捕食者、寄生性动物和碎屑性动物。每个单独样品平均回收200多个OTU,其中绿茶的平均OTU数最高。虽然大部分OTUs可能来源于收获前的田间,但也发现了少量代表典型贮藏害虫的OTUs,它们可能是在加工和干燥后进入样品的。
图1 三种引物组合的比较
图2 样品中回收的节肢动物的分类组成
看到这里,手里的的茶包顿时感觉不香了?!
别怕!检测出OUTs并不代表茶叶中有这些昆虫的碎片,它们可能只是在叶片上小憩一下~因此,茶包里检测到的DNA,只能证明该DNA的主人曾经出现在这个环境中,但不表示它现在依然在这个茶包里。
本研究证实了eDNA可适用于干燥的植物样本,关注昆虫与植物的互动、追踪害虫的传播的老师们,eDNA走起来啦~
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参考文献
The bug in a teacup—monitoring arthropod–plant associations with environmental DNA from dried plant material.Biology Letters,2022.
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