本文主要是介绍共价对接（Covalent Docking），希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值，需要的开发者们随着小编来一起学习吧！
共价对接（Covalent Docking）
共价对接（Covalent Docking）是一种分子对接的计算方法，用于模拟分子之间的共价键形成过程。在传统的非共价对接中，分子之间的相互作用主要是基于范德华力、电荷相互作用和氢键等非共价相互作用。然而，在某些生物活性分子的设计和药物发现中，拥有共价键结合的共价抑制剂的活性和选择性均为理想，因此共价对接方法应运而生。
1. 共价对接简介
共价对接的关键思想是模拟潜在药物分子与蛋白质目标之间的共价键形成，通过计算得出最有可能形成共价结合的分子构象。这通常涉及到特定的功能基团，如亲核基团（Nucleophiles）和电子亲合基团（Electrophiles），它们能够参与共价键的形成。共价对接方法需要考虑这些功能基团的相互作用，并通过优化分子构象来实现共价键的形成。
共价对接的应用领域包括药物发现和生物活性分子的设计。它可以用于研究一些药物的作用机制，开发具有共价作用的药物，或者设计特定的生物活性分子。然而，共价对接也面临挑战，因为需要考虑共价键的稳定性和选择性，以避免不希望的共价修饰。
接下来将介绍六款可以开展共价对接计算的分子对接工具（AutoDock4, CovDock, FITTED, GOLD, ICM-Pro, and MOE），其中AutoDock4是开源软件，其余5款皆为商业性质软件。
2. 共价对接计算的工具
2.1 AutoDock4
AutoDock4 实现了两种算法来模拟共价蛋白质-配体系统，包括two-point attractor 和 the flexible side-chain 方法。
2.2 CovDock
Schrödinger公司开发的一种新的共价对接方法 CovDock，用于对接和评价共价抑制剂。该方法不需要对不同的共价反应类型进行参数拟合，易于设置，可以针对大型数据库进行虚拟筛选。
2.3 FITTED
FITTED是最近集成到 FORECASTER 平台中的对接工具。其最新实现支持共价对接和筛选具有共价和非共价配体的文库。
2.4 GOLD
2.5 ICM-Pro
2.6 MOE
参考文献
- Scarpino A, Ferenczy GG, Keserű GM. Comparative Evaluation of Covalent Docking Tools. J Chem Inf Model. 2018;58(7):1441-1458. doi:10.1021/acs.jcim.8b00228
- Bianco G, Forli S, Goodsell DS, Olson AJ. Covalent docking using autodock: Two-point attractor and flexible side chain methods. Protein Sci. 2016;25(1):295-301. doi:10.1002/pro.2733
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