「Debug R」有一种报错叫做Windows专享

2024-06-23 20:32

本文主要是介绍「Debug R」有一种报错叫做Windows专享,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

今天在R里面用Rsamtools 读取BAM文件时遇到了下面的报错

[W::bam_hdr_read] bgzf_check_EOF: No error
[E::bgzf_read] Read block operation failed with error -1 after 55 of 167 bytes

这个错误在网上搜了很久,发现很多人都遇到了,但是在这些人的提问后面都没有给出确切的解决方案。

后来我想到会不会是因为Windows上的HTSLIB太老了,于是我拿我的Ubuntu系统上的R测试了一下,一切都非常顺利。

所以如果你也遇到了这个问题,我建议就是那就是用Linux上的R,毕竟Windows版本的R用到的HTSLIB已经非常古老了,所以里面可能存在一些bug。而在Linux里面,因为要从头编译,所以可以用新版的HTSLIB,所以不会出现错误。

如果你只有一台Windows10系统,不希望装双系统和虚拟机的话,推荐跟着我bilibili的视频在Windows10上配置一个WSL,然后安装R语言即可。

「转录组入门生信」在Windows10上配置一个Linux

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视频课

这篇关于「Debug R」有一种报错叫做Windows专享的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/1088203

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