本文主要是介绍文献越读_细菌中5‘UTR上RG4促进翻译效率,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!
题目:2023_5’UTR G-quadruplex structure enhances translation in size dependent manner
这篇文章的核心内容是关于5’非翻译区(5’UTR)中的G-四链体(G4)结构如何影响细菌翻译效率的研究。以下是文章的主要发现和结论:
-
研究背景:细菌的基因表达调控在转录和翻译层面都非常迅速,以适应环境变化。5’UTR在调控翻译启动中起着关键作用,通过呈现非典型结构或招募蛋白质和酶来影响翻译。
-
G4结构对翻译的影响:研究者使用T7基础的体外翻译系统和大肠杆菌(E. coli)来探索mRNA 5’UTR中G4结构(RG4)的形成如何影响翻译。结果表明,RG4显著提高了翻译效率,且这种效应与RG4的大小有关。
-
翻译效率的尺寸依赖性:研究发现,RG4结构的大小(即环的长度)与翻译效率成正比。在RG4上游插入发夹结构(hairpin)可以进一步增强翻译效率,最高可达12倍提升。
-
机制探索:研究者提出了一个物理屏障模型,即5’UTR中的大块结构可以防止核糖体脱离,从而增加翻译产出。这一发现为理解细菌翻译中的5’UTR结构的调控作用提供了生物物理洞见。
-
实验方法:文章详细描述了实验设计,包括DNA和RNA的制备、体外翻译和转录实验、以及使用实时荧光检测技术来量化翻译效率。
-
结果:实验结果显示,RG4结构的形成与翻译效率的提高密切相关,且RG4的大小对翻译效率有显著影响。此外,RG4并不通过增加核糖体亲和力、提高核糖体结合位点的可及性或增加mRNA稳定性来促进翻译。
-
结论:研究表明,5’UTR中的RG4结构通过作为物理屏障,可能防止核糖体从mRNA上脱落,从而促进翻译。这一机制在体外和大肠杆菌细胞中均得到了验证。 这篇文章的研究为调控基因表达提供了新的机制和功能,特别是在细菌翻译中5’UTR mRNA的作用,并为可调基因表达系统提供了新的克隆方案。
细菌翻译效率受多种因素影响,除了G-四链体(G4)结构外,还包括以下几类重要的结构和因素:
-
核糖体结合位点(RBS):RBS是mRNA上的一段序列,对于细菌翻译启动至关重要。它通常包含一个富含腺苷(A)的区域,与16S rRNA相互作用,帮助小核糖体亚基正确定位到mRNA上的起始密码子。
-
Shine-Dalgarno(SD)序列:这是细菌mRNA中的一个保守序列,通常位于起始密码子上游的几个核苷酸处。SD序列与16S rRNA的互补配对对于翻译的启动至关重要。
-
上游开放阅读框(uORFs):这些是位于起始密码子上游的短序列,可以形成发夹结构或其他二级结构,影响核糖体的结合和翻译效率。
-
发夹结构和二级结构:mRNA的二级结构,如发夹和伪结,可以通过稳定或不稳定的相互作用影响翻译效率。这些结构可能阻碍或促进核糖体的结合和沿mRNA的移动。
-
RNA结合蛋白和小RNA:特定的RNA结合蛋白和sRNA可以通过与mRNA的特定序列或结构相互作用,调节翻译效率。
-
mRNA的稳定性:mRNA分子的稳定性也会影响翻译效率,因为mRNA的降解速率会影响其在细胞中可用的时间长度。
-
翻译后修饰:mRNA的化学修饰,如m6A甲基化,可以影响其结构和翻译效率。
-
营养和环境因素:细菌细胞的营养状态和环境条件,如温度、pH值和离子浓度,都可以影响翻译效率。
-
转录-翻译耦合(CTT):在某些情况下,翻译可能在mRNA合成完成之前就开始了,这种转录-翻译耦合可以影响翻译效率。
-
启动子强度和转录效率:启动子的强度和转录效率也会影响mRNA的初始产量,进而影响翻译效率。
这些因素共同作用,确保细菌能够有效地调节蛋白质的合成,以适应不断变化的环境和生理需求。
在细菌翻译过程中,Shine-Dalgarno (SD) 序列和核糖体结合位点 (RBS) 起着至关重要的作用。以下是它们的作用机制:
- SD序列:
-
SD序列是细菌mRNA中的一段保守序列,通常位于起始密码子(AUG)上游的几个核苷酸处。
-
这个序列在大肠杆菌等细菌中通常是一串腺苷酸(如AGGAG),但在其他细菌中可能有所不同。
-
SD序列与16S rRNA的一个特定区域互补配对,这种相互作用是翻译启动过程中小核糖体亚基正确定位到mRNA上的关键步骤。
-
通过这种互补配对,16S rRNA的3’端能够与mRNA的5’端结合,确保起始密码子位于核糖体的解码中心,从而开始蛋白质的合成。
- RBS(核糖体结合位点):
-
RBS是mRNA上的一段序列,它包含了SD序列以及其上游和下游的短序列。
-
RBS的主要功能是作为小核糖体亚基结合到mRNA上的信号,它指导核糖体正确识别mRNA上的起始密码子。
-
RBS的序列和结构特征影响其与16S rRNA的亲和力,进而影响翻译的效率。
-
在某些情况下,RBS的二级结构(如发夹结构)可能会影响其可及性,从而调节翻译的启动。
SD序列和RBS的相互作用确保了翻译过程的精确性和效率。SD序列的互补配对为核糖体提供了一个识别和结合mRNA的机制,而RBS则提供了核糖体结合的位点。这种机制使得细菌能够快速且准确地启动蛋白质的合成,对于细菌的生存和适应环境变化至关重要。
在真核生物的翻译过程中,存在与细菌SD序列和RBS相似的结构和作用机制,但也有一些关键的区别。以下是真核生物翻译启动的主要特点:
- 5’帽结构(5’ cap):
-
真核生物的mRNA分子通常在5’端有一个特殊的帽结构(例如7-methylguanosine),这个结构对于mRNA的稳定性、核糖体识别和翻译启动都至关重要。
-
帽结构与一组蛋白质复合体(称为帽结合复合体,CBC)结合,这有助于将mRNA正确地定位到核糖体上。
- Kozak序列:
-
在真核生物mRNA中,Kozak序列是与SD序列类似的序列,通常是一个富含嘌呤的短序列,位于起始密码子(AUG)的周围。
-
Kozak序列有助于真核生物核糖体识别mRNA上的起始密码子,尤其是在帽依赖的翻译启动过程中。
- 核糖体亚基的结合:
-
真核生物的小核糖体亚基与mRNA的5’帽结构和Kozak序列相互作用,而不是像细菌那样依赖于SD序列与16S rRNA的互补配对。
-
真核生物的翻译启动通常涉及多个翻译起始因子(eIFs),它们协同作用以确保正确的翻译启动。
- 剪接和多聚腺苷酸化:
- 真核生物的前体mRNA(pre-mRNA)在成熟过程中会经历剪接和多聚腺苷酸化(polyadenylation),这些过程对于mRNA的翻译效率和调控至关重要。
- 翻译调控:
- 真核生物的翻译调控更为复杂,涉及多种转录后修饰、RNA结合蛋白、微小RNA(miRNAs)和其他非编码RNA,这些因素共同影响mRNA的稳定性、局部化和翻译效率。
总的来说,尽管真核生物和原核生物在翻译启动机制上存在相似之处,但真核生物的翻译调控更为复杂,涉及更多的分子和调控步骤。
这篇关于文献越读_细菌中5‘UTR上RG4促进翻译效率的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!