1. 选择特定分子或原子： gmx make_ndx -f input.gro -o output.ndx 这将打开交互式界面，您可以在其中选择要包含在索引文件中的分子和原子。按照提示进行操作，选择适当的分组。 2. 手动创建索引文件： 您还可以手动创建一个文本文件，其中包含要包括在索引文件中的分子和原子的详细信息。然后，您可以使用以下命令： gmx make_ndx -f input.