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药物设计中的SE3等变图神经网络层- EGNN 解析
此部分内容介绍了常用在药物设计深度学习中的SE3等变网络层 EGNN。主要对EGNN的代码逻辑、模块进行解析,并介绍其中的SE3等变在模型中的原理。 注:EGNN代码有多种。此部分EGNN代码来源于DiffLinker。其源头为EDM模型,DiffLinker进行了修改。 一、背景知识 在药物设计中,关于3D分子,通常被只考虑原子,并将原子表示为节点。 一个节点(原子)的特征分为两部分
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Equivariant GNN Networks(等变图神经网络)
3D CNN的缺陷: 旋转不等变、很难扩展到大的蛋白质口袋 The model was constructed based on the 3D CNN model which is not equivariant to rotation and hard to scale to large protein pockets. Vector Feature-based Equivari
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