当开始研究某个基因时，除了识别其功能之外，还必须分析它与其他蛋白质或分子的相互作用关系。这是因为基因通常不是孤立发挥作用，而是通过与其他蛋白或分子的互动参与调节下游基因的表达。酵母双杂交技术是检测蛋白质间相互作用的一种标准方法，可根据诱饵蛋白的位置分为核内系统和膜系统两种。在双杂交筛库实验中，如果诱饵蛋白位于细胞核内，通常会选择核内系统的文库；若诱饵蛋白位于细胞膜上，则更倾向于选择

在理解了蛋白互作关系基础之上，为了解析它们的互作机制，往往还需要对其上下游通路上的基因进行分析。蛋白质之间的相互作用通过促进或抑制下游基因的转录，从而影响细胞的一系列生命过程。酵母单杂交技术是一种研究蛋白和DNA相互作用的常用手段，在上下游通路的研究中起着重要的作用，既可以用于验证明确的上下游关系，也可以用于筛选未知的上游基因。当筛选的是互作蛋白时，选择双杂筛库，当筛选的是上游基因