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速度vs精度:在AutoDock Vina中,不同对接盒子Box Size 、 Exhaustiveness对配体姿势精度的影响
速度vs精度:在AutoDock Vina中,不同对接盒子Box Size 、 Exhaustiveness对配体姿势精度的影响 介绍: 在Autodock Vina的中,用户需要提供两个关键的相关参数: 1)盒子大小(Box Size),即对接搜索空间的大小; 2)Exhaustiveness,即从随机配体结构开始的独立运行的数量(每一次运行都由连续的局部优化步骤组成,其中包括对评分
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SailVina 使用教程 Autodock Vina分子对接全套整合软件 MGLTools闪退 作用力分析 MOE 薛定谔 Gromacs 全网最全分子对接教程
目录 1. 介绍2. 安装SailVina2.1.使用Python运行2.2 直接运行exe程序 3. 对接常用操作教程3.1 获取受体3.1.1 通过SailVina进行获取3.1.2 从pdb网站获取 3.2 准备受体3.2.1 使用SailVina自动准备受体3.2.2 使用ADT手动准备受体 3.3 准备对接位点3.3.1 使用SailVina根据受体中共晶的配体来自动生成对接位点3
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提速2920倍!用AutoDock Vina对接2800万个分子
AutoDock Vina是用于分子对接和虚拟筛选的开源程序,由Scripps研究所分子图形实验室的Oleg Trott博士设计和实现,是目前使用最为广泛的分子对接软件之一。 分子对接技术,作为计算机辅助药物设计(Computer Aided Drug Design,CADD)的重要方法,已广泛应用于药物发现阶段的早期虚拟筛选、药物分子设计、先导化合物优化、药物潜在作用靶点发现、药物-靶点相互
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AutoDock Vina 对接计算(大批量)
AutoDock Vina 1.2.0 对接计算(大批量) AutoDockVina 1.2.0 的示例应用:A) 对接多个配体 (PDB 5x72);B) 使用 AutoDock4 (PDB 4ykq) 的水合对接方案与水分子对接;C)在锌存在的情况下使用 AutoDock4Zn 力场 (PDB 1s63); D) 柔性大环化合物。 1. AutoDock Vina 1.2.0 简介
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