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速度vs精度:在AutoDock Vina中,不同对接盒子Box Size 、 Exhaustiveness对配体姿势精度的影响

速度vs精度:在AutoDock Vina中,不同对接盒子Box Size 、 Exhaustiveness对配体姿势精度的影响 介绍: 在Autodock Vina的中,用户需要提供两个关键的相关参数: 1)盒子大小(Box Size),即对接搜索空间的大小; 2)Exhaustiveness,即从随机配体结构开始的独立运行的数量(每一次运行都由连续的局部优化步骤组成,其中包括对评分

SailVina 使用教程 Autodock Vina分子对接全套整合软件 MGLTools闪退 作用力分析 MOE 薛定谔 Gromacs 全网最全分子对接教程

目录 1. 介绍2. 安装SailVina2.1.使用Python运行2.2 直接运行exe程序 3. 对接常用操作教程3.1 获取受体3.1.1 通过SailVina进行获取3.1.2 从pdb网站获取 3.2 准备受体3.2.1 使用SailVina自动准备受体3.2.2 使用ADT手动准备受体 3.3 准备对接位点3.3.1 使用SailVina根据受体中共晶的配体来自动生成对接位点3

提速2920倍!用AutoDock Vina对接2800万个分子

AutoDock Vina是用于分子对接和虚拟筛选的开源程序,由Scripps研究所分子图形实验室的Oleg Trott博士设计和实现,是目前使用最为广泛的分子对接软件之一。 分子对接技术,作为计算机辅助药物设计(Computer Aided Drug Design,CADD)的重要方法,已广泛应用于药物发现阶段的早期虚拟筛选、药物分子设计、先导化合物优化、药物潜在作用靶点发现、药物-靶点相互

AutoDock Vina 对接计算(大批量)

AutoDock Vina 1.2.0 对接计算(大批量) AutoDockVina 1.2.0 的示例应用:A) 对接多个配体 (PDB 5x72);B) 使用 AutoDock4 (PDB 4ykq) 的水合对接方案与水分子对接;C)在锌存在的情况下使用 AutoDock4Zn 力场 (PDB 1s63); D) 柔性大环化合物。 1. AutoDock Vina 1.2.0 简介