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Varscan检测de novo mutation

欢迎关注"生信修炼手册"! de novo mutation 是属于生殖细胞突变中的一类突变,指的是在一个家系中,第一次出现的突变。这个突变在父本中是没有的,只是在子代中第一次出现。 在varscan中,专门有一个子命令trio, 用来分析de novo突变。需要3个bam文件,分别对应faher, mother, child,同时还需要参考基因组的fasta序列。用法如下 第一步:生成mpil