对常用的比对软件学习进行用法整理记录。记录的内容相对简单，详细说明及用法还得参考软件使用说明书 bwa、bowtie2、tophat、hisatbwabwa(Burrows-Wheeler Aligner)bwa文档说明http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtmlBWA用于将低差异的序列映射到一个大的参考基因组，如人类基因组。由BWA-backtrack

tophat的安装： $ wget http://ccb.jhu.edu/software/tophat/downloads/tophat-2.0.14.Linux_x86_64.tar.gz $ chmod 755 tophat-2.0.14.Linux_x86_64.tar.gz $ tar zxf tophat-2.0.14.Linux_x86_64.tar.gz $ echo

tophat-fusion 是一款利用RNA_seq 数据鉴定融合基因的工具，官网链接如下： http://ccb.jhu.edu/software/tophat/fusion_index.shtml 安装： tophat-fusion 是集成在tophat软件中的，具体的安装参考tophat的安装就好了 使用方法： 对于tophat-fusion 而言，要求固定的目录结构，比如我在result