singularity专题
HiC-Pro的Singularity简明使用指南
关于原理部分和更详细的介绍，见HiC-Pro: Hi-C数据预处理高效工具, 这里只介绍如何快速使用Singularity的HiC-Pro进行数据分析。 关键内容就是，config-hicpro.txt 里的文件路径信息都必须是绝对路径，否则默认都位于annotation目录下。切记，切记，切记。 第零步: Singularity的HiC-Pro镜像下载, # 下载mkdir -p /opt/
Singularity 容器技术从入门到掌握
Singularity 容器技术 | 从入门到掌握 谈起容器技术，大家第一时间想到的肯定是最流行的功能强大的 docker。但实际上在生信领域，许多公共课程和公司在配置分析流程时更多使用的还是 singularity，这主要是为了解决我们的几个痛点： 没有 root 权限； 生信软件的版本控制； 部分软件安装依赖多，过程复杂，难度大； 用法简单。 下面我们发布的系列文章会带大家零基
Singularity（五）| 容器挂载和环境
Singularity（五）| 容器挂载和环境 我们可以按照如下方式运行 Singularity 容器： singularity shell samtoolssingularity exec samtools samtools helpsingularity run samtoolssingularity exec instance://samtools 在我们逐个详解容器运行规则之前，我们
Singularity（三）| 将docker转化为singularity容器
Singularity（三）| 将docker转化为singularity容器 Singularity 容器格式 Singularity 容器存在两种不同的格式（或者称为状态）： 适用于生产的压缩的 只读 singularity 镜像文件（Singularity Image File，SIF）格式 用于交互式开发的 可写根目录，称为沙盒（sandbox）（以 --sandbox 选项生成
singularity利用cnvnator.def文件，构建cnvnator.sif 镜像
使用Singularity下载CentOS镜像、安装CNVnator软件，并构建SIF文件的过程可以通过创建一个Singularity定义文件来完成。这个定义文件会指导Singularity如何构建容器，包括从哪里获取基础镜像、安装所需软件及其依赖项，以及任何其他配置步骤。以下是一个简化的过程： 第一步：创建Singularity定义文件 你需要创建一个Singularity定义文件，比如命名
ssh 正向代理-解决singularity容器的端口外网无法访问 ssh 版本问题
1. 环境 客户端-A-ip：10.8.0.9（ubuntu20.04） 服务器-B-ip：10.8.0.4（ubuntu18.04） 服务器容器-C-ip：10.23.0.16（ubuntu16.04），映射到主机22222端口，sudo singularity shell --nv -w --net --network-args "portmap=22222:22/tcp" ./tensor
Singularity基本命令学习
Singularity是一个为科学计算和数据密集型任务设计的容器平台，它提供了一组强大的命令来帮助用户创建、管理和运行容器。以下是一些Singularity的基本命令，以及每个命令的简单实例，以帮助你入门和理解如何使用Singularity。 1. 安装Singularity 首先，你需要在你的系统上安装Singularity。安装步骤依赖于你的操作系统，具体安装指南可以在Singularit
Singularity容器技特点，及入门
容器技术，特别是Singularity，在科学计算和数据分析领域中变得越来越受欢迎，原因在于它提供了一系列的优势，使得研究和开发工作更为高效、可重复，且易于分享。下面列出了容器在这些应用场景中的一些关键优势： 1. 一致性和可移植性 环境一致性：容器内的应用运行在一个与外部环境隔离的环境中，确保了软件运行的一致性，不受外部环境变化的影响。跨平台运行：容器化的应用可以在任何支持容器运行时（如Si
singularity-ce-4.1.0 + go 完整安装步骤，及报错解决
singularity-ce-4.1.0 + go 1.20 完整安装步骤. 解决bug: checking: host Go compiler (at least version 1.13)... not found!mconfig: could not complete configuration 服务器基础环境： 阿里云服务器： => lsb_release -a LSB Ve
Ubuntu 22.04.3 LTS中安装singularity
文章目录 概要背景知识什么是singularity ? 安装流程1. 安装Go2. 下载Singularity3. 编译Singularity源代码 4. 验证安装是否成功singularity的使用安装open structure 小结 概要 这里主要记录singularity的安装和使用，安装过程中会出现相关的错误，所以目前主要是进行记录。 背景知识 什么是singul
将conda虚拟环境打包并集成到singularity镜像中
1. 使用yml文件打包 conda activate your_envconda env export > environment.yml 编写cond.def文件 Bootstrap: dockerFrom: continuumio/miniconda3%filesenvironment.yml%post/opt/conda/bin/conda env create -f envir
将conda虚拟环境打包并集成到singularity镜像中
1. 使用yml文件打包 conda activate your_envconda env export > environment.yml 编写cond.def文件 Bootstrap: dockerFrom: continuumio/miniconda3%filesenvironment.yml%post/opt/conda/bin/conda env create -f envir