pcoa专题

科研绘图系列:R语言PCoA图(PCoA plot)

介绍 PCoA(主坐标分析,Principal Coordinate Analysis)是一种多维数据的降维技术,它用于探索高维空间中样本之间的关系。PCoA通常用于生态学、遗传学和其他领域的数据分析,以揭示样本或个体之间的相似性或差异性。 PCoA图的作用: 数据降维:PCoA可以将高维数据(如物种丰富度或基因表达数据)降维到二维或三维空间,使得数据更易于可视化和解释。样本关系展示:通

R语言绘制精美PCoA图

什么是PCoA?principal coordinate analysis 微生物群落结构受多种因素影响,例如光照、温度、人群性别、年龄等。 要了解目的分组是否与某种因素存在联系,我们常常会用到PCA、PCoA等排序方法。 PCoA能够将样本之间的相似性距离(虚拟距离),经过投影后,在低维度空间进行欧几里德距离展示, 以最大限度地保留原始样本的距离关系,使相似的样本在图形中的距离更为接