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OPLS-DA
转自迈维代谢微信公众号 什么是opls-da opls-da&vip
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生信学习笔记1:学习如何用OPLS-DA分析代谢组数据(从入门到掌握)
偏最小二乘法(PLS)和正交偏最小二乘法(OPLS)是统计模型,用于寻找两组数据矩阵之间的关系。它们广泛应用于化学计量学、生物信息学、经济预测等领域。 偏最小二乘法(PLS) 偏最小二乘法是一种多变量分析方法,主要用于找到两组数据(通常是预测变量集和响应变量集)之间的线性关系。在PLS模型中,从预测变量的数据集中提取出几个主成分(潜变量),并尝试使这些潜变量尽可能多地解释响应变量的方差。这使得
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Gromacs基于OPLS-AA力场的聚合物建模及模拟
本文内容包括: OPLS-AA力场简介/高分子模拟常用力场; 聚合物建模方法; Gromacs添加非标准残基建模聚合物的方法; 聚合物PDB文件生成; 开始模拟。 第一步: 尽管Gromacs与Amber都包含适合蛋白质与核酸体系模拟的力场,但到目前为止罕有专为人工聚合物体系开发的力场。不同于蛋白质/核算具有有限种类的残基,聚合物原则上可以有无限种不同的单体,去为每一种单体都设定
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