代谢工程需要三个部分的基础知识，第一个部分为哲学理论基础，学习系统论和系统工程。第二部分为科学理论部分，学习微生物代谢。第三部分学习代谢工程，包含原核微生物，真核微生物和植物代谢工程。这三方面知识缺一不可，具体学科的知识研究往往是拼图游戏，如盲人摸象，摸到任何一处都可以形成真实的重要的发现。要改造一头大象，知道一定量的局部知识是必须的，而真正实现工程的自由王国则需要大象的总体拼图和内在的结构，这就