最近准备为sliverworkspace 图形化生信平台开发报告设计器，需要一个较为复杂的pipeline作为测试数据，就想起来把之前的 满分室间质评之GATK Somatic SNV+Indel+CNV+SV（下）性能优化翻出来用一下。跑了一遍发现还是各种问题，于是想把pipeline改造成免部署、首次运行初始化环境的版本，以便需要时候能够直接运行起来，于是有了本文。 一句话描述就是：开箱即用

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