hisat2专题

转录组软件安装及分析流程(Hisat2-Stringtie-Ballgown)

替换镜像源,提高下载速度 为了提高下载速度,我们需要替换/etc/apt/source.list中默认镜像源。方法参考自中国科学技术大学开源镜像站 备份 cd /etc/apt/ sudo cp source.list source.list.bk 替换 sudo sed -i ‘s/http/https/g’ sources.list sudo sed -i ‘s/archive.

bwa、bowtie2、tophat、hisat2 比对软件学习中的笔记整理

对常用的比对软件学习进行用法整理记录。记录的内容相对简单,详细说明及用法还得参考软件使用说明书 bwa、bowtie2、tophat、hisatbwabwa(Burrows-Wheeler Aligner)bwa文档说明http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtmlBWA用于将低差异的序列映射到一个大的参考基因组,如人类基因组。由BWA-backtrack