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【学习笔记】分子3D构象生成的扩散模型GeoDiff: a Geometric Diffusion Model for Molecular Conformation Generation
1 摘要 从分子图预测分子构象是化学信息学和药物发现中的一个基本问题。最近,机器学习方法取得了重大进展,尤其是深度生成模型。受经典非平衡热力学中的扩散过程的启发,在这篇论文中,我们提出了一个新的生成模型,名为GEODIFF,用于分子构象预测。GEODIFF将每个原子视为一个粒子,并学习将扩散过程(即从噪声分布转换为稳定构象)直接反转为马尔可夫链。然而,对这样的生成过程进行建模是非常具有挑战性
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