genomad专题

geNomad,DeepMicroClass,DeepVirFinder,VirSorter2,VIBRANT,PPR-Meta安装与使用

geNomad安装 GitHub - apcamargo/genomad: geNomad: Identification of mobile genetic elements mamba create -n genomad -c conda-forge -c bioconda genomad=1.7.4mamba activate genomadgenomad download-data

NBT:快准全!geNomad——宏病毒组鉴定新工具

期刊:nature biotechnology 影响因子:46.9 发表时间:2023年9月 在测序数据中识别可移动遗传元件对了解其多样性、生态学、生物技术应用和对公共健康的影响至关重要。本研究开发了geNomad——可同时识别和注释测序数据中的质粒和病毒序列。geNomad使用227897个标记蛋白图谱的数据集来提供病毒基因组的功能基因注释和分类匹配。geNomad还使用条件随机场