最近做RNA-seq，正好把流程整理下，也希望分享和相互学习。 具体将以Fastqc + Trimmomatic + STAR + HTseq-count + DEseq2的流程来进行。 查看数据完整性 for dir in `ls`; do cd $dir; md5sum -c MD5_*txt; cd ..; done 预处理 FastQC + Trimmomatic fas

A quality control tool for high throughput sequence data.高通量测序数据的质量检测工具。 fastqc [-o output dir] [--(no)extract] [-f fastq|bam|sam] [-c contaminant file] seqfile1 .. seqfileN -o用来指定输出文件的所在目录，注

1. 从ncbi下载测序数据 SRA链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra 检索所需的项目，这里以Whole genome sequencing of ExPECs (SRR24129389)为例。 wget -c -t 0 -O ./SRR24129389.sra https://sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/S