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使用ESMFold提取蛋白质embedding的python实现
ESMFold ESM Fold 是一个基于深度学习的蛋白质结构预测模型。ESM 代表 Evolutionary Scale Modeling,是一个使用自然选择原则和进化理论来建模生物序列的方法。ESM Fold 则是基于 ESM 模型的一个特定应用,旨在预测蛋白质的三维结构。ESM Fold 利用了大规模的蛋白质序列数据和进化信息,通过深度神经网络模型进行训练,以预测蛋白质的二级结构、残基接
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PSP - 解决 ESMFold 推理长序列蛋白质结构的显存溢出问题
欢迎关注我的CSDN:https://spike.blog.csdn.net/ 本文地址:https://spike.blog.csdn.net/article/details/134709211 使用 ESMFold 推理长序列 (Seq. Len. > 1500) 时,导致显存不足,需要设置 chunk_size 参数,实现长序列蛋白质的结构预测,避免显存溢出。 ESMFold:
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