published at nature communication (2024.01.24) code link paper link 摘要 尽管在预测静态蛋白质结构方面取得了重大进展，但蛋白质的内在动态性，受到配体调节，对于理解蛋白质功能和促进药物发现至关重要。 传统的对接方法，常用于研究蛋白质-配体相互作用，通常将蛋白质视为刚性体。虽然分子动力学模拟可以提出适当的蛋白质构象，但由于生物学

DynamicBind是一个用于蛋白和小分子复合体系构象采样及其打分的等变几何扩散网络。 DynamicBind利用等变几何扩散网络平滑蛋白-小分子复合结构的势能面，以便促进蛋白-小分复合物构象的转化，从而实现高效的采样。DynamicBind 可以从未结合的蛋白质结构中准确地生成配体结合的特异性构象，而无需带配体蛋白结构或大量MD采样，俗称柔性对接。 与柔性对接不同，DynamicBind对