chipseq专题

样品间CHIPseq 信号在基因组上的分布

比较一个样品相对应input样品chip获得的蛋白在基因组上的分布信号。主要是比较这些信号相对于input数量的大小,以及在染色体上的分布。 第一步: 使用deeptools  bamCompare  工具按照设定的一个窗口计算每个窗口中mapping 上的reads的数目,这里可以采用一些标准化的方法比如RPKM等。 也可以不设定,直接比较chip的和input的每个窗口中的数据,默认是是不设