checkm专题

busco,checkM2,checkM:基因组或MAG完整度分析

busco安装(应该是一般用于真核生物) mamba create -n BUSCO biopython=1.79conda activate BUSCOmamba install -c bioconda python=3.8 sepp=4.3.10mamba install -c bioconda busco=5.7.1busco 使用  #下载数据库(2024-01-08)bu

基于BWA,Bowtie2,samtools、checkm等工具计算宏基因组学序列分析中Contigs与Genes在样品中的丰度,多种计算方式和脚本对比

计算contigs和genes相对丰度可以提供有关微生物群落结构和功能的信息。以下是计算这两个指标的意义: 1. Contigs的相对丰度:contigs是利用基因组测序技术获得的碎片序列,通过计算contigs的相对丰度可以了解微生物群落中不同菌种的相对丰度。这可以帮助研究者理解微生物群落的物种组成和群落结构。 2. Genes的相对丰度:基因是生物体内功能的基本单位,通过计算基因的相对丰度