5-羟甲基胞嘧啶（5hmC），也称为“第6碱基”，是一种新发现的表观遗传修饰。虽然它最初是在噬菌体中发现的，但它的作用被认为仅限于保护噬菌体基因组免受宿主诱导的限制性内切酶的影响。有趣的是，最近在胚胎干细胞、大脑以及许多其他器官中发现了5-羟甲基胞嘧啶。尽管它的存在已经被证实，但它的生物学作用仍然难以捉摸。有人提出，5-羟甲基胞嘧啶可能在DNA去甲基化（5-甲基胞嘧啶）中发挥作用，或参与另一层基因