本文主要是介绍2024，eDNA研究新亮点→数据库定制服务，希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值，需要的开发者们随着小编来一起学习吧！
环境DNA（environmental DNA，eDNA）是指从生物体释放到环境中的游离DNA分子。而利用DNA宏条形码技术对环境DNA进行检测，获取遗传物质序列，已经成为生态和生物多样性监测和评价的新手段。相比于传统生态调查，eDNA技术具有快速、准确、标准化、成本低和对环境损伤小等优势，是近十年来的前沿热点技术。
完整和准确的参考序列数据库是eDNA 技术应用于各类生物多样性调查的基础。当前，不同生境的各类生物eDNA参考序列数据还存在诸多问题，如不同类群使用的标记基因不同且资源较为分散，部分参考序列分类不准确，土著物种参考序列缺失等问题。
针对目前eDNA参考序列数据存在的诸多问题，凌恩生物推出eDNA数据库个性化定制服务。根据客户的研究需求，构建本土特有物种条形码数据库，为提高基于分子生物学物种鉴定的准确性和成功率，为生物快速批量监测提供基础支撑做准备。
凌恩生物 eDNA——个性化数据库定制案例
01、海洋生物物种数据库构建
-
项目描述：
客户采集了广泛范围的海洋水体样本，目的是构建海洋生物物种分布网络图。
-
数据库构建步骤：
1、根据全球海洋生物名录数据库：https://www.marinespecies.org/筛选目标物种。
2、从ncbi nt（https://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/FASTA/）数据库中提取已知的海洋生物物种序列，并构建数据库。
3、生信端基于确定好的物种，建立海洋物种库，数据库中包含：31个门，84个纲，429个目，2789个科，11067个属，38483个种的基因组序列。
02、中国南海鱼类物种数据库构建
-
项目描述：
客户采集了中国南海不同海岸线水系样本，目的是构建中国南海鱼类物种分布网络图。
-
数据库构建步骤：
1、根据https://fishbase.mnhn.fr/search.php数据库搜集中国南海鱼类物种。
2、从mitofish（https://mitofish.aori.u-tokyo.ac.jp/）数据库内提取目标物种序列，并构建数据库。
3、生信端基于确定好的物种，建立特有物种库，数据库中包含：3个纲，69个目，290个科，1130个属，3121个物种。
03、某地区鱼类物种数据库构建
-
项目描述：
客户广泛采集了某地区的所有水系样本，目的是构建该地区鱼类物种分布网络图。
-
数据库构建步骤：
1、根据文献开展该地方鱼类物种调查：共收集到鱼类种数为78种，隶属于9目17科57属，根据历史渔获物监测数据，鲤形目鱼类渔获物种总数50种，占总数的64.10%，鲈形目渔获物种数次之，其次为鲇形目。
2、结合eDNA测序数据，通过公共数据库（MitoFish、NCBI等）查找并核对鱼类物种拉丁文名称；
3、反馈给客户，人工核对、筛选（其中经过反复沟通确认），确认没有问题，反馈给生信端；
4、生信端基于反馈的物种，建立特有鱼类物种小库，便于后续样本的比对分析。
04、某河流流域鱼类物种数据库构建
-
项目描述 ：
客户广泛采集了某河流流域的代表节点的所有水系样本，目的是构建该流域鱼类物种分布网络图。
-
数据库构建步骤 ：
1、根据文献开展该河流流域鱼类物种调查：共收集到鱼类种数为94种，隶属于9目20科60属。
2、结合eDNA测序数据，通过公共数据库（MitoFish、NCBI等）查找并核对鱼类物种拉丁文名称；
3、反馈给客户，人工核对、筛选（其中经过反复沟通确认），确认没有问题，反馈给生信端；
4、生信端基于反馈的物种，建立特有鱼类物种小库，便于后续样本的比对分析。
凌恩生物环境DNA检测项目可以满足多种物种类型的环境DNA检测需求，升级个性化数据库构建定制服务，为生物多样性研究提供新的技术手段。
更多eDNA生物数据库，快来联系我们定制吧！
这篇关于2024，eDNA研究新亮点→数据库定制服务的文章就介绍到这儿，希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助！
