swc文件的读取

数据下载

NeuroMorpho.Org 是一个集中策划的数字重建神经元和神经胶质的清单，与同行评审的出版物相关。它包含来自全球 800 多个实验室的贡献，并随着新形态重建的收集、发布和共享而不断更新。迄今为止，NeuroMorpho.Org 是最大的可公开访问的 3D 神经元重建和相关元数据的集合。

网址：NeuroMorpho.Org - a centrally curated inventory of digitally reconstructed neurons and gliahttps://neuromorpho.org/

swc格式

 神经元的三维结构可以用SWC格式表示。SWC是一种简单的标志化格式。每行有7个字段编码单个神经元的数据：

· 一个整数作为隔间标识符

·神经元类型定义：0（未定义）、1（胞体）、2（轴突）、3（主干树突）、4（分支树突）、5（自定义）、6（未指定的神经突）

· x 坐标

· y 坐标

· z 坐标

· 半径

·parent sample

SWC格式文件读取

方法1：使用numpy包进行读取 

方法2：使用pandas包读取

此处可查看该博主的方法。

SWC格式文件读取与处理_煦煦向前的博客-CSDN博客_swc文件