UseGalaxy.cn生信云|新增热图绘制工具：heatmap2

2023-11-05，Galaxy生信云平台 UseGalaxy.cn 新增绘制热图工具。

Graph/Display Data

• heatmap2 (Galaxy Version 3.1.3+galaxy0)

使用方法

进入网址：

https://usegalaxy.cn/root?tool_id=toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/iuc/ggplot2_heatmap2/ggplot2_heatmap2/3.1.3+galaxy0

数据准备

需要准备矩阵形数据，可用平台的测试数据（heatmap_test.tsv）练习，如下表：

• 第1列，是基因名，或其他名称

• 第2 - 最后一列，是各样本的表达量，或其他所要展示的值

默认参数绘图

选择输入数据表，其他参数保持默认，点击Run Tool，得到结果：

设置标题

• Plot title: Heatmap by UseGalaxy.cn

• key title: FPKM

效果图：

行列聚类

可以设置是否聚类，聚类行或者列（默认行/列都聚类）。还可以设置计算距离的算法，以及聚类。在这里选择ward.D2聚类方法，如图：

结果如下：

标准化数据

在聚类之前，可以对数据进行标准化。

• 按行标准化

• 按列标准化

调色板

本热图工具支持R语言流行的RColorBrewer包中的颜色方案，或者指定2个颜色之间的渐变，或3个颜色之间的渐变。

这里选择 RColorBrewer 包的 Blues 颜色方案，结果如图：

友情提示

使用问题请加入Galaxy中国交流群: 925694514（QQ群，免费加入），或者关注公众号：简说基因。