本文主要是介绍凌恩明星产品eDNA再升级:海洋脊椎动物数据库上线!!,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!
凌恩生物明星产品鱼类eDNA产品再次大升级!海洋脊椎动物数据库个性化定制服务上线!自建海洋脊椎动物个性化数据库,更全面的物种分类,更完善的分析内容!!
eDNA宏条形码技术在海洋物种多样性调查研究中的优势明显,相比于传统的捕捞、拖网监测技术,eDNA宏条形码技术灵敏度更高,能够检出更多的海洋脊索物种,并且具有高时效性,在水生生态系统物种监测中的意义不可低估。
凌恩生物基于MitoFish和GenBank等公共数据库,自建了覆盖全面、准确、丰富的海洋脊椎动物个性化数据库,包括鱼类、海洋哺乳动物(鲸类、海象、海狮、海豹等)。本次升级的海洋脊椎动物数据库数据库具体信息如下:
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脊索动物线粒体基因组数据库mitogenomes(http://mitofish.aori.u-tokyo.ac.jp/download.html),最新版本含有线粒体序列数量:811468,原来老版本序列数量:705284;提升比例:15%。
Mitogenomes数据库 | |
最新版本数据库收录物种数量 | 42015个物种 |
1个门 | Chordata脊索动物门 |
7个纲 | Actinopteri辐鳍鱼纲、Chondrichthyes软骨鱼纲、Cladistia腕鳍鱼纲、Hyperoartia七鳃鳗纲、Myxini盲鳗纲、Mammalia哺乳动物纲、norank未知纲 |
88个目 | Acanthuriformes刺尾鱼目、Acipenseriformes鲟形目、Acropomatiformes剑鳍鱼目、Batrachoidiformes蛙鳉目、Beloniformes鳞鲿目、Beryciformes古鲷目、Blenniiformes角鳍鱼目等 |
577个科 | Acanthuridae刺尾鱼科、Acestrorhynchidae针鱼科、Acheilognathidae鳊科、Badidae石鲈科、Bagridae鳗鲶科、Balistidae石斑鱼科等 |
4559个属 | Acestridium鲈鳉属、Acestrocephalus钝颌鱼属、Acestrorhynchus鱼鳄属、Acheilognathus鳅鱼属、Bagarius大头鲶属、Bagre鲶属等 |
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FishCOI数据库,根据最新Genbank数据整理,最新版本收录线粒体序列数量:223373。原来老版本序列数量:189372;提升比例:18%。
FishCOI数据库 | |
最新版本数据库收录物种数量 | 25616个物种 |
1个门 | Chordata脊索动物门 |
8个纲 | Actinopteri辐鳍鱼纲、Chondrichthyes软骨鱼纲、Cladistia腕鳍鱼纲、Hyperoartia七鳃鳗纲、Myxini盲鳗纲、Leptocardii头索纲、Mammalia哺乳动物纲、norank未知纲 |
89个目 | Acanthuriformes刺尾鱼目、Acipenseriformes鲟形目、Acropomatiformes剑鳍鱼目、Albuliformes白鲈目、Alepocephaliforme脂鲱目、Esociformes似鲈目、Gadiformes鳕形目等 |
558个科 | Aulorhynchidae长吻鱼科、Aulostomidae海箭鱼科、Badidae石鲈科、Bagridae鳗鲶科、Balistidae石斑鱼科、Balitoridae梳鳅科等 |
3951个属 | Agonus棘鱼属、Agosia阿戈西亚鱼属、Aguarunichthys阿瓜鲈属、、Chrysichthys金鲨属、Chrysiptera蓝鲂属、Dalatias眼斑鲨属、Dallia 戴氏鱼属、Dalophis眼斑鳝属等 |
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首次添加Cetacea鲸目物种;1个纲,1个目(Artiodactyla偶蹄目),13个科,35个属,62个种。
首次添加哺乳动物纲鲸类物种 | |
1个纲 | Mammalia哺乳动物纲 |
1个目 | Artiodactyla偶蹄目(Cetacea鲸下目) |
13个科 | Balaenidae露脊鲸科,Balaenopteridae须鲸科,Delphinidae海豚科,Eschrichtiidae灰鲸科,Iniidae河豚科,Lipotidae白暨豚属,Monodontidae一角鲸科,Neobalaenidae侏露脊鲸科,Physeteridae抹香鲸科,Platanistidae淡水豚科,Pontoporiidae海豚总科,Ziphiidae剑吻鲸科,Phocoenidae鼠豚科 |
35个属 | Balaena露脊鲸、Balaenoptera鳁鲸属、Berardius贝喙鲸属、Caperea小露脊鲸属、Delphinapterus白鲸属、Delphinus真海豚属、Eschrichtius如灰鲸属、Feresa侏虎鲸属等 |
62个种 | Balaenoptera bonaerensis南极小须鲸、Balaenoptera borealis塞鲸、Balaenoptera brydei布氏鲸、Balaenoptera eden小布氏鲸、Caperea marginata小露脊鲸、Delphinapterus leucas白海豚、Eschrichtius robustus灰鲸、Feresa attenuata小虎鯨等 |
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首次添加Carnivora食肉目物种:3个科(Odobenidae海象科,Otariidae海狮科,Phocidae海豹科),21个属,36个种。
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更完整的海水、淡水鱼类分类,包括18686个淡水鱼类名录、17828 个海水鱼类名录。
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增加濒危物种鱼类分析:查询“中国生物多样性红色名录”得到濒危鱼类数量:1586个,其中1322个淡水鱼类、65个海水鱼类、264个无法分类。
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物种添加了中文名称描述,更适合中国老师,例如:“d__Eukaryota;p__Chordata;c__Actinopteri;o__Cypriniformes;f__Xenocyprididae;g__Hypophthalmichthys;s__Hypophthalmichthysmolitrix”,中文名为:“脊索动物门;辐鳍鱼纲;鲤形目;鳃鱼科;鲟鲢属;鲢鱼”。
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添加了鱼类物种图片,更利于老师分析。
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增加潜在外来物种检测分析。
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老师自选物种构建个性化数据库。
凌恩生物海洋脊索动物eDNA项目结题报告增加分析内容:
1、增加各分类水平鱼类拉丁名对应的中文名称
2、增加濒危物种鱼类统计分析,濒危等级(https://m.thepaper.cn/baijiahao_12141475):灭绝(EX)、极危(CR)、濒危(EN)、易危(VU)、近危(NT)、无危(LC)、数据缺乏(DD)。
3、增加每检出种鱼类的图片
结果目录:fish-figure/,检出鱼类图片,文件名即对应鱼类:g__属名_s__种名.图片编号.jpg。
4、潜在外来物种识别统计分析,根据检出的鱼类物种名称,在FishBase数据库中获得该物种在全球水环境中的主要分布地区,结果如下表所示,根据物种主要分布地区与研究地区的比较,识别可能的外来入侵物种。
部分分析图片展示:
快来联系我们,开展海洋脊索动物eDNA项目检测分析吧!!
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