本文主要是介绍UK Biobank英国生物银行数据库, 最近一周有哪些新的论文?(8.30),希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!
英国生物银行(UK Biobank,UKB)是英国迄今以来规模最大的有关致病或预防疾病的基因和环境因子的信息资源库。目的是探求一些特定基因、生活方式和健康状况之间的关系,提高对一些遗传类疾病致病基因的理解,包括癌症、心脏病、糖尿病和一些特定的精神疾病。
UK Biobank项目在2006-2010年间共收集英国各地年龄在40 - 69 岁人群中 50 万例志愿者数据信息,包括基因信息和血液样本、生活方式及环境暴露数据,并跟踪记录他们之后数十年的健康医疗档案信息。
研究期间,所有疾病、药品处方以及参加者死亡等都将被记录在库,以供英国国家医疗服务体系(NHS)利用并管理,成为了全球最重要的人体生物健康信息库之一。
一、2023年UK Biobank文献预览
2023.8.24—2023.8.30 PubMed数据库“标题/摘要:UK Biobank”搜索发现,共发表22篇UK Biobank论文。
大部分论文列表如下:
1.外国学者文章介绍(一)
文章题目:骨髓瘤变风险的多参数预测
研究目的:骨髓系肿瘤包括急性髓系白血病、骨髓增生异常综合征和骨髓增殖性肿瘤。大多数病例起源于克隆造血(CH)的共同祖先。
数据来源:来自英国生物银行454,340名参与者的数据。
方法:在这里,我们分析了来自英国生物银行454,340名参与者的数据,其中1,808人在招募后0-15年发生骨髓肿瘤。我们描述了后来发展为骨髓肿瘤(pre-MN)的个体与对照组之间CH突变景观和血液学/生物化学测试参数的差异,发现疾病特异性变化在诊断前几年就可以检测到。
结果:通过分析“pre-MN”和对照组之间的差异,我们开发并验证了Cox回归模型,量化了每种髓系肿瘤亚型进展的风险。我们构建了“MN-predict”,这是一个网络应用程序,通过输入基本的血液测试和基因数据,生成与时间相关的预测。
结论:我们的研究表明,许多发生髓系肿瘤的个体可以提前数年被识别出来,并为疾病特异性预测提供了一个框架,这将对研究人员和医生有很大的帮助。
2.外国学者文章介绍(二)
文章题目:一种通用、快速和无偏的方法,用于估计生物库规模数据集上基因与环境相互作用的影响
研究目的:鉴定基因-环境相互作用(GxE)对于理解环境对复杂性状的相互作用至关重要。然而,目前在生物库规模数据集上评估GxE的方法存在局限性。
数据来源:英国生物银行。
方法:我们介绍MonsterLM,这是一种多元线性回归方法,它不依赖于模型规格,并提供由GxE解释的方差的无偏估计。我们通过使用来自325,989个个体的真实遗传数据进行全面的全基因组模拟来证明MonsterLM的稳健性。我们使用腰臀比、吸烟和运动作为英国生物银行13个结果(N = 297,529-325,989)的环境变量来估计GxE。
结果:8个环境结果对的GxE方差显著,在0.009 ~ 0.071之间。大多数GxE变异涉及的snp没有很强的边际或相互作用关联。我们观察到纳入GxE后多基因评分预测的适度改善。
结论:我们的研究结果表明GxE对复杂性状变异有显著的贡献,并且我们表明MonsterLM可以很好地利用生物库规模的数据来处理这一问题。
3.外国学者文章介绍(三)
文章题目:在英国生物银行,手腕温度的昼夜节律与未来的疾病风险有关
研究目的:许多慢性疾病的症状包括不同步的睡眠-觉醒周期,表明生物节律被打乱。这可以用体温节律来询问,体温节律有昼夜节律以及睡眠-觉醒行为/环境诱发成分。
数据来源:英国生物银行。
方法:在这里,我们调查了手腕温度振幅与英国生物银行一年后未来发病的关系。
结果:与对照组(n = 62,107-91,134)相比,425种疾病(范围n = 200-6728)中,共有73种(17%)疾病表型与腕温幅度下降显著相关(Benjamini-Hochberg FDR q < 0.05), 26种(6.1%)PheCODEs通过了更严格的显著性水平(Bonferroni-correction α < 0.05)。两个标准偏差(1.8摄氏度)下手腕温度振幅对应于NAFLD的风险比为1.91 (1.58-2.31 95% CI), 2型糖尿病为1.69(1.53-1.88),肾衰竭为1.25(1.14-1.37),高血压为1.23(1.17-1.3),肺炎为1.22(1.11-1.33)(全现象图谱可在http://bioinf.itmat.upenn.edu/biorhythm_atlas/上获得)。
结论:这项工作表明外周体温调节是一种数字生物标志物。
4.外国学者文章介绍(四)
文章题目:评估英国生物银行中客观体力活动测量对帕金森病事件的预测性能
研究目的:帕金森病(PD)是增长最快的神经系统疾病,全球有超过10万例病例。虽然已知年龄和性别是PD发生的预测因素,但仍需要确定其他预测因素。本研究比较了英国生物银行中加速计衍生的身体活动(PA)测量和传统风险因素对PD事件的预测性能。
数据来源:92352名基线时无PD的英国生物银行参与者。
方法:研究人群包括92352名基线时无PD的英国生物银行参与者(43.8%为男性,中位年龄63岁,四分位数范围为43-69)。到2021年4月1日,245名参与者被诊断为PD(586,604人年随访)。采用单变量和多变量Cox模型对10种传统预测指标和8种客观预测指标的PD事件预测性能进行比较。使用一种新的、稳定的统计数据来评估预测效果:重复交叉验证一致性(rcvC)。在删除前6个月、1年和2年内诊断的PD病例时,进行敏感性分析。
结果:单因素Cox回归模型显示,所有PA测量值均具有统计学意义(p值< 0.0001)。表现最好的个体预测因子是PA测量中的总加速度(TA) (rcvC = 0.813)和传统预测因子中的年龄(rcvC = 0.757)。两步前向选择过程产生了包含年龄、性别和TA的模型(rcvC = 0.851)。在模型中加入TA可使rcvC提高9.8% (p值< 0.0001)。敏感性分析的结果基本不变。
结论:与已知危险因素相比,客观PA摘要具有更好的单因素预测模型性能,并且当加入年龄和性别的模型时,预测性能显著提高。
5.中国学者文章介绍(五)
文章题目:英国生物银行中癌症和痴呆风险之间的关联:诊断偏倚的证据
研究背景:流行病学研究已经确定了癌症与痴呆之间的负相关。已经假定存在潜在的方法学偏倚,但没有研究系统地调查单个数据集中每个偏倚来源的可能性。
数据来源:纳入了140,959名年龄≥55岁的英国生物银行参与者。
方法:我们使用英国生物银行比较癌症痴呆关联的估计值,使用不同的分析规范,旨在依次解决多种偏倚来源,包括竞争性死亡风险、选择性生存、混杂偏倚和诊断偏倚。我们纳入了140,959名年龄≥55岁的英国生物银行参与者,在入组前没有痴呆,并且有相关的初级保健数据。我们使用癌症登记数据来识别英国生物银行注册前流行的癌症病例和注册后诊断的癌症事件。我们使用Cox模型来评估流行和发病癌症与全因痴呆,阿尔茨海默病(AD)和血管痴呆的关联。我们使用时变模型来评估诊断偏倚。
结果:在12.3年的中位随访中,诊断出3,310例痴呆病例。全部位癌症与全因痴呆发病率呈正相关(风险比 [HR] = 1.14,95% CI:1.02-1.29),但流行癌症则不呈正相关(HR = 1.04,95% CI:0.92-1.17)。血管痴呆的结果相似。AD与流行或发生的癌症无关。在癌症诊断后的第一年,痴呆诊断显著升高(HR = 1.83,95%CI:1.42-2.36),之后相关性减弱至零,提示诊断偏倚。
结论:癌症诊断后,医疗保健利用或诊断或治疗的认知后果可能会增加接受痴呆诊断的机会,从而在基于电子健康记录的研究中产生潜在的诊断偏倚。
6.中国学者文章介绍(六)
文章题目:户外光照时间和遗传易感性与2型糖尿病风险的关系
研究目的:探讨户外光照时间和遗传易感性与2型糖尿病(T2D)风险的联合关系。
数据来源:在英国生物银行中,共有395,809名基线时无糖尿病的欧洲血统个体被纳入研究。
方法:从调查问卷中获得了夏季或冬季典型一天的户外光照时间。通过多基因风险评分(PRS)对T2D遗传风险进行量化,并根据分位数分为低、中、高三个级别。根据医院诊断记录确定T2D病例。
结果:中位随访12.55年后,室外光照时间与T2D风险的相关性呈非线性(J形)趋势。与平均每天户外光照时间为1.5-2.5小时的个体相比,在室外光线下<1.5小时/天或>2.5小时/天的个体均具有较高的T2D风险,并且与<2.1小时/天的户外光照时间相关的T5D风险要高得多(风险比[HR] = 1.10, 95 % 置信区间 [CI]:1.06 至 1.15)。与PRS联合使用后,与较低的PRS - 平均1.5-2.5 h/天的户外灯组(参考)相比,较高的PRS- <1.5 h/天的户外灯组具有最高的T2D风险(HR = 2.74,95%CI:2.55至2.94),较高的PRS- >2.5 h /天的户外灯组也具有较高的T2D风险(HR = 2.58, 95 % 置信区间:2.43 至 2.74)。平均室外光照时间与T2D遗传易感互作用有统计学意义(P平均用于交互 <0.001)。
结论:我们发现,最佳的户外光照时间可能会改变T2D的遗传风险。这表明与遗传因素相关的T2D风险可以通过花费最佳的户外光照时间来预防。
更多文章如下:
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