计算机学院生物信息学,信息与计算机工程学院举办生物信息学系列讲座（二）...

报告题目一：寻找基因组中的保守子序列-问题与算法

报 告 人：朱大铭(山东大学)

主办单位：信息与计算机工程学院

报告时间：2019年11月17日(周日)，10:30--11:30

地点：成栋楼928会议室

报告内容：给出通过基因组序列比较寻找基因组最长公共样本子序列的组合问题模型，设计该问题的动态规划求解算法。针对人类基因组和大猩猩基因组，给出利用我们算法获得了两个基因组每条对应染色体的公共样本子序列。

报告人简介：朱大铭，山东大学计算机科学与技术学院教授，博士生导师。中国计算机学会理论计算机科学专委会常务委员，生物信息学专委会委员。长期从事计算生物学/生物信息学，算法与计算复杂性研究。擅长基因组数据分析的组合优化问题建模，算法和近似算法设计。发表学术论文150余篇，被他人引用700余次。在基因组结构比较算法，基于基因组比较的基因组数据分析研究中取得的算法与复杂性进展，受到国内外同行的广泛关注。

报告题目二：Optimal control nodes in disease-perturbed networks as targets for combination therapy

报告人：高琳(西安电子科技大学)

主办单位：信息与计算机工程学院

报告时间：2019年11月17日(周日)，14:30--15:30

地点：成栋楼928会议室

报告内容：Most combination therapies are developed based on targets of existing drugs, which only represent a small portion of the human proteome.We introduce a network controllability-based method, OptiCon, for de novo identification of synergistic regulators as candidates for combination therapy. These regulators jointly exert maximal control over deregulated genes but minimal control over unperturbed genes in a disease. Using data from three cancer types, we show that 68% of predicted regulators are either known drug targets or have a critical role in cancer development. Predicted regulators are depleted for known proteins associated with side effects. Predicted synergy is supported by disease-specific and clinically relevant synthetic lethal interactions and experimental validation. A significant portion of genes regulated by synergistic regulators participate in dense interactions between co-regulated subnetworks and contribute to therapy resistance. OptiCon represents a general framework for systemic and de novo identification of synergistic regulators underlying a cellular state transition.

报告人简介：高琳，女，博士，西安电子科技大学计算机科学与技术学院二级教授。西安电子科技大学学术委员会委员。计算机学会“生物信息专委员会”副主任，人工智能学会“生物信息学与人工生命专委会”副主任，运筹学会“计算生物信息学分会”常务理事。在生物数据挖掘与分析、模式识别与机器学习、图论与组合优化方面进行了长期研究，承担了国家自然科学基金重点、重大研究计划和面上等项目，在Nature Communications, Advanced Science, Nucleic Acids Research, Bioinformatics, Briefings in Bioinformatics等期刊发表论文100余篇。

报告题目三：核小体组装的动力学模型及实验研究

报 告 人：蔡禄(内蒙古科技大学)

主办单位：信息与计算机工程学院

报告时间：2019年11月17日(周日)，15:30--16:30

地点：成栋楼928会议室

报告内容：真核生物中约147bpDNA以左手超螺旋形式缠绕在组蛋白八聚体上，形成称之为核小体的高级结构，核小体是染色质结构的基本单位。核小体在基因组上的线性位置、其大沟或小沟相对组蛋白的旋转方位称为核小体定位。核小体定位在染色质结构层面调控基因表达过程中发挥重要作用，核小体定位依赖于基因序列中特定的模式以及DNA甲基化、组蛋白修饰及染色质重塑子等内在和外在的因素。研究、理解核小体组装、解聚的机理是理解核小体参与基因表达调控过程的基础。本工作首先基于化学反应动力学理论提出核小体组装及解聚的动力学模型；然后，基于核小体体外组装技术，针对人工设计的DNA序列，使用诸如凝胶电泳技术、荧光热漂移(FTS)技术、荧光共振能量转移(FRET)技术等进行实验验证。从理论和实验两个方面较好地对核小体组装和解聚的动力学机制进行了解释。

报告人简介：蔡禄，内蒙古科技大学生命科学与技术学院教授，博士生导师。内蒙古自治区“功能基因组生物信息学重点实验室”主任，“表观遗传学与生物信息学科技创新团队”负责人。开展生物信息学、表观遗传学等领域研究。曾经从事研究方向有：基因序列的信息学分析、DNA结构、蛋白质-蛋白质相互作用等。目前主要关注基因表达在表观遗传学层面的调控机制，开展核小体定位、组蛋白修饰、RNA可变剪接等问题研究。获国家自然科学奖三等奖1项，内蒙古自治区自然科学奖一等奖1项，自治区科技进步奖一等奖、二等奖各1项，获自治区优秀教学成果奖一等奖2项。主持国家自然科学基金项目5项，发表SCI收录40余篇。出版《表观遗传学前沿》学术专著1部，《生物信息学》教材3部。中国细胞生物学学会功能基因组信息学与系统生物学分会委员、中国生物工程学会生物信息学与计算生物学分会委员。