SuperLU、BLAS、CUnit、YAML编译安装教程，使用Environment Modulefile管理版本

2023-10-21 13:20
文章标签 编译 安装 使用 教程 管理 版本 yaml environment cunit superlu blas modulefile

本文主要是介绍SuperLU、BLAS、CUnit、YAML编译安装教程，使用Environment Modulefile管理版本，希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值，需要的开发者们随着小编来一起学习吧！

GRASP 是一种高精度的气溶胶反演算法，GRASP大量使用许多库进行数据准备和数值计算。在实验室服务器上配置GRASP运行环境，首先需要配置SuperLU库、BLAS库、CUnit以及YAML等依赖环境，出于版本管理的考虑，均采用编译安装方式进行，并使用Environment Modules软件管理依赖库环境。

服务器上已经搭建好git、intel fortran和environment modules等环境，服务器系统为CENTOS 8 OSTREAM。本文所有依赖库的安装位置均出于/opt/apps/libraryname/libraryversion目录下，modulefile位置部署予/usr/share/modulefiles/libraryname/libraryversion文件中，在root权限下进行。本文完整记录了整个环境搭建过程，按照此安装步骤可以成功完成SuperLU、BLAS、CUnit以及YAML等库的安装。

目录

参考资料

步骤一 安装依赖环境

导入FORTRAN环境

安装Cmake

安装SuperLU

使用Cmake Build安装SuperLU

安装Cunit

安装BLAS

安装YAML

步骤二 安装GRASP

参考资料

安装步骤参考以下官方文档，其中GitLab需要注册账户获得授权方可访问。

GRASP Framework Overview – GRASP Open

Sign in · GitLab

 GRASP 是一种高精度的气溶胶反演算法，可以处理无云环境中气溶胶和地表反射率的特性。它可以推断出近50个气溶胶和表面参数，包括颗粒大小分布、光谱折射率、球形度和吸收程度。该算法旨在通过光谱、多角度偏振遥感观测增强气溶胶特性的角色塑造。GRASP 在不同的条件下工作，包括像沙漠这样明亮的表面，那里的反射比气溶胶的信号还要强。GRASP 是高度通用的，并允许从各种各样的卫星和地面测量输入。

有关 GRASP 的详细资料，请参阅项目官方网页: GRASP-OPEN Home

有关用户文档的详细资料，请参阅: GRASP Framework Overview – GRASP Open

有关技术文档的详细资料，请参阅: GRASP Framework Overview – GRASP Open

步骤一 安装依赖环境

  • a C compiler (recommended gcc).
  • a Fortran compiler (known to work with gfortran and ifort).
  • a make command (provided on any POSIX system).
  • the cmake building software.
  • One of the four numerical packages:
    • SuperLU
    • SuperLU_MT (not included in the framework yet)
    • MUMPS
    • ViennaCL
  • a BLAS library (Netlib BLAS, ATLAS, GotoBLAS).
  • The LAPACK library.
  • ScaLAPACK (a requirement for the SuperLU and MUMPS numerical packages only).
  • ParMETIS (a requirement for the MUMPS numerical package only).
  • OpenMPI (optional).
  • The Gnome Library GLib (mostly used by the configuration manager).
  • The LibYAML library (YAML is the chosen format for GRASP configuration).
  • The C Unit Testing Framework: CUnit.

CentOS

yum install CUnit-devel SuperLU-devel blas-devel cmake gcc libyaml-devel zlib-devel

服务器需要配合environment module管理工具，故使用编译安装方式，步骤如下。

导入FORTRAN环境

module load compile/ifort/2021.5.0

服务器FORTRAN版本为IFORT 2021.5.0，如需其他版本需要另行安装。

安装Cmake

yum install cmake

安装SuperLU

官网：SuperLU: Home Page

wget https://github.com/xiaoyeli/superlu/archive/refs/tags/v5.3.0.tar.gz

使用Cmake Build安装SuperLU

1、解压 tar -zxvf v5.3.0.tar.gz

2、进入解压文件夹 cd superlu-5.3.0/

3、创建并进入编译文件夹 mkdir build | cd build

cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/apps/superLU/5.3.0

4、编译 make

5、编译测试 make test

注意以上编译过程都无错误发生才可进行下一步，否则需要删掉整个build文件夹，解决错误，重新编译。

6、编译安装make install （默认安装需要su权限）

7、编写modulefile

在modulefiles文件夹中新建 superLU文件夹，新建5.3.0文件并写入以下内容。

#%Moduleproc ModulesHelp { } {
puts stderr " This module loads SuperLU version 5.3.0"
puts stderr " into your local environment."
}module-whatis   "module for SuperLU 5.3.0"conflict superluif { ![ is-loaded superlu/5.3.0 ] } {module load "superlu/5.3.0"
}prepend-path "LD_LIBRARY_PATH" "/opt/apps/superLU/5.3.0/lib64"
prepend-path "LIBRARY_PATH" "/opt/apps/superLU/5.3.0/lib64"prepend-path "CPATH" "/opt/apps/superLU/5.3.0/include"prepend-path "CMAKE_PREFIX_PATH" "/opt/apps/superLU/5.3.0"

安装Cunit

官网：CUnit Home 

wget https://udomain.dl.sourceforge.net/project/cunit/CUnit/2.1-3/CUnit-2.1-3.tar.bz2

1、解压 tar -xjf CUnit-2.1-3.tar.bz2    

2、进入解压文件夹 cd CUnit-2.1-3/

3、mv configure.in configure.ac

4、aclocal

5、autoconf

6、autoheader

7、libtoolize

部分文章将libtoolize放在automake之后，会导致automake步骤时出现无法找到ltmain.h等问题。

8、automake --add-missing

9、autoconf

10、automake

11、./configure --prefix=/opt/apps/cunit/2.1.3

12、make

注意以上编译过程都无错误发生才可进行下一步，否则需要删掉整个解压文件夹，解决错误后重新编译。

13、make instal

14、编写modulefile

在modulefiles文件夹中新建 cunit 文件夹，新建2.1.3文件并写入以下内容。

#%Moduleproc ModulesHelp { } {
puts stderr " This module loads CUnit version 2.1.3"
puts stderr " into your local environment."
}module-whatis   "module for CUnit 2.1.3"conflict cunitprepend-path "LD_LIBRARY_PATH" "/opt/apps/cunit/2.1.3/lib"
prepend-path "LIBRARY_PATH" "/opt/apps/cunit/2.1.3/lib"prepend-path "CPATH" "/opt/apps/cunit/2.1.3/include"prepend-path "CMAKE_PREFIX_PATH" "/opt/apps/cunit/2.1.3"

安装BLAS

官网https://www.netlib.org/blas/

  wget http://www.netlib.org/blas/blas-3.10.0.tgz

1、解压tar -zxvf blas-3.10.0.tgz

2、进入文件夹cd BLAS-3.10.0/

3、make

默认生成文件blas$(PLAT).a，可修改make.inc把文件名修改成libblas.a，将生成文件移动至/opt/apps/blas/3.10.0文件夹中。

4、编写modulefile

在modulefiles文件夹中新建 BLAS文件夹，新建3.10.0文件并写入以下内容。

#%Moduleproc ModulesHelp { } {
puts stderr " This module loads BLAS version 3.10.0"
puts stderr " into your local environment."
}module-whatis   "module for BLAS 3.10.0"conflict blasprepend-path "LD_LIBRARY_PATH" "/opt/apps/blas/3.10.0/lib"
prepend-path "LIBRARY_PATH" "/opt/apps/blas/3.10.0/lib"prepend-path "CMAKE_PREFIX_PATH" "/opt/apps/blas/3.10.0"

安装YAML

1、tar -zxvf yaml-0.1.4.tar.gz

2、cd yaml-0.1.4/

3、./configure --prefix=/opt/apps/yaml/0.1.

4、make

5、make install

6、编写modulefile

在modulefiles文件夹中新建 yaml文件夹，新建0.1.4文件并写入以下内容。

#%Moduleproc ModulesHelp { } {
puts stderr " This module loads yaml version 0.1.4"
puts stderr " into your local environment."
}module-whatis   "module for yaml 0.1.4"conflict yamlprepend-path "LD_LIBRARY_PATH" "/opt/apps/yaml/0.1.4/lib"
prepend-path "LIBRARY_PATH" "/opt/apps/yaml/0.1.4/lib"prepend-path "CMAKE_PREFIX_PATH" "/opt/apps/yaml/0.1.4"prepend-path "CPATH" "/opt/apps/yaml/0.1.4/include"

步骤二 安装GRASP

1、cd /data/sjzhou/

2、unzip GRASP.zip

3、cd GRASP/grasp-master/

4、修改makefile prefix指定当前用户目录

5、module list

6、module avail

7、module load yaml/0.1.4  cunit/2.1.3  superlu/5.3.0 zlib/1.2.11

8、make

9、make install 

10、cd workspace/grasp/

11、./grasp

这篇关于SuperLU、BLAS、CUnit、YAML编译安装教程，使用Environment Modulefile管理版本的文章就介绍到这儿，希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助！


http://www.chinasem.cn/article/254666。

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