构建磷脂双份子层(二)

2023-10-12 20:18
文章标签 构建 子层 双份 磷脂

本文主要是介绍构建磷脂双份子层(二),希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

前面的内容由于空间不够了,呵呵,现在只能再换一页,接着上面的写:

5:建立系统的成分:

这个过程与只有膜结构的系统成分的建立过程类似。

因为这个过程中我们产生了孔洞水,页面会提示你优化孔洞水分子,对于那些没有在孔洞中的水分子要删除(用蛋白软件将产生的PDB文件打开,观察体系中是否与暴露在孔洞外面的水分子,如果存在的话将那些水分子移除。

6: 先建立磷脂双分子层,然后产生离子和水分子

 

7:将体系组装起来

在产生了系统的成分之后,体系将会组装成PDB和PSF文件

 8: 对系统进行平衡

 

 

 

                                                                                  三:不均匀膜-蛋白复合物的构建

1: 不均匀体系的构建仍然以2K4T为例子来做。

2:读入PDB文件,具体操作与建立均匀的膜体系的过程类似。

 

3:蛋白方向和位置的选择:

与均匀膜结构的选择过程一样。

 

4:决定体系的大小

我们要建立的是一个不均匀的膜双层结构,由3种不同的脂分子组成,例如DMPC,POPC和胆固醇,比例分别为10:5:1,将相应的比例值填到相应的inputbox中,然后点击

“Show the system"的按钮,继续进行下一步

 

 

5:建立体系的组成部分

与前面建立均匀膜体系的过程类似,同时也要注意如果有孔洞水的话,孔洞水应该在体系内部,需要把孔洞外面的水去除。

 

6:将组装好的体系组装成PDB文件和PSF文件。

 

 

这篇关于构建磷脂双份子层(二)的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/198207

相关文章

Spring Cloud:构建分布式系统的利器

引言 在当今的云计算和微服务架构时代,构建高效、可靠的分布式系统成为软件开发的重要任务。Spring Cloud 提供了一套完整的解决方案,帮助开发者快速构建分布式系统中的一些常见模式(例如配置管理、服务发现、断路器等)。本文将探讨 Spring Cloud 的定义、核心组件、应用场景以及未来的发展趋势。 什么是 Spring Cloud Spring Cloud 是一个基于 Spring

Python应用开发——30天学习Streamlit Python包进行APP的构建(9)

st.area_chart 显示区域图。 这是围绕 st.altair_chart 的语法糖。主要区别在于该命令使用数据自身的列和指数来计算图表的 Altair 规格。因此,在许多 "只需绘制此图 "的情况下,该命令更易于使用,但可定制性较差。 如果 st.area_chart 无法正确猜测数据规格,请尝试使用 st.altair_chart 指定所需的图表。 Function signa

基于Spring Boot构建淘客返利平台

基于Spring Boot构建淘客返利平台 大家好,我是免费搭建查券返利机器人省钱赚佣金就用微赚淘客系统3.0的小编,也是冬天不穿秋裤,天冷也要风度的程序猿!今天我们将讨论如何基于Spring Boot构建一个淘客返利平台。 淘客返利平台通过整合各种电商平台的商品信息,提供给用户查询和返利功能,从而实现流量变现。以下是实现一个简单的淘客返利平台的步骤。 1. 项目初始化 首先,使用Spri

使用 AngularJS 从零构建大型应用

0、导言1、准备工作2、构建框架3、丰富你的directives4、公用的services5、用controllers组织业务 导言 纵览线上各种AngularJS教程,大部分都是基础与一些技巧分析。 如果你已经能运行你的ng-app,但又找不到实际案例可以参考。那么本文应该对您有所帮助。 本文将以电商产品:友好速搭 其中的 店铺后台 作为的实际案例,裸奔展示如何从零构建“自以为大型的”A

指令微调数据集构建方法

指令微调(Instruction Tuning),是指使用自然语言形式的数据对预训练后的大语言模型进行参数微调,在一些文章中也称为有监督微调(Supervised Fine-tuning,SFT)或多任务提示训练(Multitask Prompted Training)。指令微调的第一步就是收集或构建指令化的实例,然后通过有监督的方式对LLM的参数进行微调,经过指令微调后,大语言模型能够展现出较强

构建高可用Java微服务架构的秘籍

构建高可用Java微服务架构的秘籍 大家好,我是免费搭建查券返利机器人省钱赚佣金就用微赚淘客系统3.0的小编,也是冬天不穿秋裤,天冷也要风度的程序猿! 随着云计算和分布式系统的快速发展,微服务架构已成为构建大型应用的首选方案之一。而在构建高可用的Java微服务架构时,开发者需要考虑诸多因素,包括服务发现、负载均衡、容错机制等。本文将分享一些构建高可用Java微服务架构的秘籍,帮助开发者更好地设

昇思25天学习打卡营第5天|网络构建

一、简介: 神经网络模型是由神经网络层和Tensor操作构成的,mindspore.nn提供了常见神经网络层的实现,在MindSpore中,Cell类是构建所有网络的基类(这个类和pytorch中的modul类是一样的作用),也是网络的基本单元。一个神经网络模型表示为一个Cell,它由不同的子Cell构成。使用这样的嵌套结构,可以简单地使用面向对象编程的思维,对神经网络结构进行构建和管理。

构建、标记和发布镜像

构建、标记和发布镜像 目录 构建镜像标记镜像发布镜像实践 设置构建镜像推送镜像 在本指南中,您将学习以下内容: 构建镜像:基于Dockerfile构建镜像的过程。标记镜像:为镜像命名的过程,这也决定了镜像的分发位置。发布镜像:使用容器注册表分发或共享新创建的镜像的过程。 构建镜像 通常情况下,镜像是使用Dockerfile构建的。最基本的构建命令如下: docker build

构建家庭NAS之二:TrueNAS Scale规划、安装与配置

首先声明一下,我用的版本是TrueNAS SCALE 24.04.1.1(目前的最新版本),其它版本的界面和操作方式或有不同。我安装使用过程中网上的一些教程里的操作方式和这个版本不一样,造成了一些困扰。 TrueNAS SCALE的最低硬件需求: 双核64位CPU8 GB内存(推荐16GB)16 GB SSD 系统盘2个相同容量的数据盘(其实1个盘也可以,后面细讲)不需要硬件RAID卡 存储

昇思25天学习打卡营第5天 | 网络构建

内容介绍:神经网络模型是由神经网络层和Tensor操作构成的,mindspore.nn提供了常见神经网络层的实现,在MindSpore中,Cell类是构建所有网络的基类,也是网络的基本单元。一个神经网络模型表示为一个`Cell`,它由不同的子`Cell`构成。使用这样的嵌套结构,可以简单地使用面向对象编程的思维,对神经网络结构进行构建和管理。 具体内容: 1. 导包 import minds