构建磷脂双份子层(二)

2023-10-12 20:18
文章标签 构建 子层 双份 磷脂

本文主要是介绍构建磷脂双份子层(二),希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

前面的内容由于空间不够了,呵呵,现在只能再换一页,接着上面的写:

5:建立系统的成分:

这个过程与只有膜结构的系统成分的建立过程类似。

因为这个过程中我们产生了孔洞水,页面会提示你优化孔洞水分子,对于那些没有在孔洞中的水分子要删除(用蛋白软件将产生的PDB文件打开,观察体系中是否与暴露在孔洞外面的水分子,如果存在的话将那些水分子移除。

6: 先建立磷脂双分子层,然后产生离子和水分子

 

7:将体系组装起来

在产生了系统的成分之后,体系将会组装成PDB和PSF文件

 8: 对系统进行平衡

 

 

 

                                                                                  三:不均匀膜-蛋白复合物的构建

1: 不均匀体系的构建仍然以2K4T为例子来做。

2:读入PDB文件,具体操作与建立均匀的膜体系的过程类似。

 

3:蛋白方向和位置的选择:

与均匀膜结构的选择过程一样。

 

4:决定体系的大小

我们要建立的是一个不均匀的膜双层结构,由3种不同的脂分子组成,例如DMPC,POPC和胆固醇,比例分别为10:5:1,将相应的比例值填到相应的inputbox中,然后点击

“Show the system"的按钮,继续进行下一步

 

 

5:建立体系的组成部分

与前面建立均匀膜体系的过程类似,同时也要注意如果有孔洞水的话,孔洞水应该在体系内部,需要把孔洞外面的水去除。

 

6:将组装好的体系组装成PDB文件和PSF文件。

 

 

这篇关于构建磷脂双份子层(二)的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/198207

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