生物信息之独孤九剑——单行perl

编者按：

在金庸武学体系的众多武功之中，独孤九剑并不是最强劲的武功，它与其他武林绝学有很大的不同，可以说是鹤立鸡群。比如乔峰的降龙十八掌，段誉的六脉神剑，张无忌的九阳神功，石破天的罗汉伏魔神功，这些神功都需要强大的内力支撑，而独孤九剑则不同，不需要内力，这点其实可以从华山派气宗与剑宗的分歧就可以看出来。独孤九剑传人风清扬属于剑宗，更注重招式，而不是像剑宗注重练气。独孤九剑分为总诀式，破剑式，破刀式，破枪式，破鞭式，破索式，破箭式，破掌式，破气式，遇到不同的场景使用关不同的招式，因此，独孤九剑更加注重问题的解决，本质上就是就是通过工具来解决问题。只要学会这九剑，就可以处理很多的问题。学习生物信息也是同样的道理，当然练好内功，掌握很好的基础是非常必要的，但是也可以学习一些小工具，解决一些实际问题。那么从这次内容开始，我们就来给大家介绍生物信息之独孤九剑。

perl有一个非常大的好处就是支持单行模式。类似于awk和sed的模式。很多时候我们一些perl程序是随手就丢掉了，也就是写完之后就丢掉。可以把perl程序全部放在命令行上。这样就无需再写到一个文件中保存下来而直接在命令行运行就可以。对于大型的，较长久的工作，可以把perl脚本当做一个独立的文件使用。perl是非常优秀的脚本语言。熟练掌握当行perl的技巧，会极大的提高效率。许多awk和sed、grep和sort可以完成的功能，单行的perl的都可以完成，而且有时候比单独使用这些命令更加方便。

案例一：命令行模式perl；

perl -e “print ”hello,world\n”;

案例二：while循环；

-n是自动循环，相当于 while(<>) { 脚本; }；

perl -ne ‘{chomp;print “$_\n”;}’ test.txt #使用-ne来都读取这个文件，并将其一行行打印出来。这个相当于cat的功能了。

案例三：替换模式，相当于sed功能；

perl -p -e ‘s/scaffold_//’ test.txt #将其中的ID行里面的scaffold下划线都替换掉；

perl -p -e -i‘s/scaffold_//’ test.txt #直接在源文件修改，相当于sed -i；

perl -pie ’s/\r\n/\n/g’ test.txt #将换行符\r\n替换成\n，相当于dos2unix命令的功能。

案例四：打印文件的任意行或者任意范围的行，相当于awk功能；

perl -lane ‘print “@F[0…4] $F[6]“‘ file #取出文件的一部分，显示字段0-4和字段6，字段的分隔符是空格；

perl -F: -lane ‘print “@F[0…4]\n”‘ /etc/passwd #修改分隔符为冒号；

案例五：利用正则表达式，输出固定范围行；

perl -ne ‘print if /^START$/..{/}^{E}ND$/’ file #打印START和END之间的部分；

perl -ne ‘print unless /^START$/..{/}^{E}ND$/’ file #不打印START和END之间的部分；

案例六：显示开头50行，相当于head；

perl -pe ‘exit if $. > 50′ file #输出文件前50行，相当于head的功能；

perl -ne ‘print if 15 … 17′ file #显示15行到17行，相当于head，管道与tail；

如果要丢弃模式内的，将if切换成unless即可。

案例七：提取固定字符；

perl -lne ‘print substr($_, 0, 80) = “”‘ file #去除每行前80个字符；

案例八：搜索功能，相当于grep功能；

perl -ne ‘print if /comment/’ duptext #查找固定模式的字符串：

perl -ne ‘print unless /comment/’ duptext #查找不含comment字符串的行，相当于grep -v；

案例九：排序；

perl -e ‘print sort <>’ #file #文件按行排序；

perl -00 -e ‘print sort <>’ #file #文件按段落排序；

perl -0777 -e ‘print sort <>’ file1 file2 #多个文件按文件内容排序，并返回合并后的文件：

案例十：文件按行反转

perl -e ‘print reverse <>’ file1 #文件按行翻转；

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