使用R语言画火山图详细步骤

本文主要是介绍使用R语言画火山图详细步骤，希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值，需要的开发者们随着小编来一起学习吧！

1.导入数据包：

library(ggplot2)

2.读取csv文件：
data=read.table(file="c:\\PPV-vs-PPV_TVMV.csv",header=T,row.names=1,sep=",")

3.设置横轴和纵轴

r03=ggplot(data,aes(log2FoldChange,-1*log10(pvalue)))

4.显示火山图
r03+geom_point()

5.改变点的颜色

5.1设置火山图点的颜色（只能设置一种）
r03 +geom_point(aes(color ="red"))    //添加标注
5.2设置火山图点的颜色（颜色种类由significant来确定，significant是数据表中的一列，相当于一个tag）
      r03 + geom_point(aes(color =significant))
      addcolor=r03 + geom_point(aes(color =significant))
      addcolor

6.设置坐标轴范围和标题 #横坐标范围：xlim()，纵坐标范围：ylim()函数，添加标签：labs(title=“..”,x=“..”,y=“..”)函数r03xy=addcolor+xlim(-4,4)+ ylim(0,30)+ labs(title="Volcanoplot",x=expression(log2(log2FoldChange)),y=expression(-log10(pvalue)))

 r03xy

7.自定义颜色（要与指定颜色数量一致）
volcano= r03xy +scale_color_manual(values =c("green","black", "red"))
volcano

8.添加阈值线（y轴截距，横坐标范围）
addline=volcano+geom_hline(yintercept=1.3)+geom_vline(xintercept=c(-1,1))
addline

9.保存图片(名称，图，宽，高)：
ggsave("volcano8.png",volcano,width=8,height=8)



第二种（没有第一种图好看）：
导包
library(ggplot2)
读数据
data=read.table(file="c:\\PPV-vs-PPV_TVMV.csv",header=T,row.names=1,sep=",")
设置阈值
threshold<-as.factor((data$log2FoldChange>1 | data$log2FoldChange < -1) & data$pvalue < 0.01)
画图
ggplot(data,aes(log2FoldChange,-1*log10(pvalue),colour=threshold))+geom_point()

这篇关于使用R语言画火山图详细步骤的文章就介绍到这儿，希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助！

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