soap比对结果文件说明

2024-06-02 03:18
文章标签 说明 soap

本文主要是介绍soap比对结果文件说明,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

前言

更多内容,请访问我的 个人博客。


soap 是 华大基因 开发的一款短序列比对软件(软件主页)。不过很可惜,这个网址已经没人维护了。

由于我现在承接了一个古老的项目(2012年的),项目中就是用的soap比对,因此这里整理了网上对该比对软件的结果文件介绍。

soap格式文件可以用纯文本编辑器打开,部分内容如下所示:

CL100152537L1C001R001_82        TTATAAATAAAACTCCCATCTCCCTGGGACAGAGC     FFEGGEFGDGGGFGFGGFGGGFGGF;@BAFF;E@E     18      a       35      +       chr8    89537925        0       35M     35
CL100152537L1C001R001_100       AGAAAACACTCCCTCAGGGAAGTGCCAGCCCTCCT     >8@F?DGFGGEGGFGB7?7FAAF>GF9BBGFGGGF     1       a       35      +       chr11   65819516        1       G->15A2 35M     15G19
...

从左至右,依次表示:

  • 编号:read的编号。
  • read序列:如果read比对上参考序列的负链,会被反向互补为正链。
  • 质量值:序列的质量值,和序列顺序一致,如果read反向互补,质量值也会随着改变。
  • 比对次数:比对上的次数。没有比对上的read将被忽略。
  • a/b:pair-end比对的标记, 表示read属于来自哪个文件。
  • 长度:read长度,如果是容缺失的比对,长度将是加上缺失片断的长度。
  • +/-:比对上参考序列的正链或负链。
  • 染色体名称:参考序列的染色体名称。
  • 位点:第一个碱基在染色体上的位置,从1开始。
  • 错配的个数:默认为0。
  • 错配的详细信息G->15A2 意思是一个错配,在参考序列的位置是的位置+15(从0开始),在参考序列上是G,read上是A,质量值是2。
  • 比对上的数目35M 意思是35个碱基比对上了。
  • 对比的细节15G19意思是前15个比对上了,第16(参考序列上位置+16)个是错配,后面19个还是比对上了。

这篇关于soap比对结果文件说明的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/1022886

相关文章

Zookeeper安装和配置说明

一、Zookeeper的搭建方式 Zookeeper安装方式有三种,单机模式和集群模式以及伪集群模式。 ■ 单机模式:Zookeeper只运行在一台服务器上,适合测试环境; ■ 伪集群模式:就是在一台物理机上运行多个Zookeeper 实例; ■ 集群模式:Zookeeper运行于一个集群上,适合生产环境,这个计算机集群被称为一个“集合体”(ensemble) Zookeeper通过复制来实现

git使用的说明总结

Git使用说明 下载安装(下载地址) macOS: Git - Downloading macOS Windows: Git - Downloading Windows Linux/Unix: Git (git-scm.com) 创建新仓库 本地创建新仓库:创建新文件夹,进入文件夹目录,执行指令 git init ,用以创建新的git 克隆仓库 执行指令用以创建一个本地仓库的

log4j2相关配置说明以及${sys:catalina.home}应用

${sys:catalina.home} 等价于 System.getProperty("catalina.home") 就是Tomcat的根目录:  C:\apache-tomcat-7.0.77 <PatternLayout pattern="%d{yyyy-MM-dd HH:mm:ss} [%t] %-5p %c{1}:%L - %msg%n" /> 2017-08-10

android应用中res目录说明

Android应用的res目录是一个特殊的项目,该项目里存放了Android应用所用的全部资源,包括图片、字符串、颜色、尺寸、样式等,类似于web开发中的public目录,js、css、image、style。。。。 Android按照约定,将不同的资源放在不同的文件夹中,这样可以方便的让AAPT(即Android Asset Packaging Tool , 在SDK的build-tools目

Adblock Plus官方规则Easylist China说明与反馈贴(2015.12.15)

-------------------------------特别说明--------------------------------------- 视频广告问题:因Adblock Plus的局限,存在以下现象,优酷、搜狐、17173黑屏并倒数;乐视、爱奇艺播放广告。因为这些视频网站的Flash播放器被植入了检测代码,而Adblock Plus无法修改播放器。 如需同时使用ads

列举你能想到的UNIX信号,并说明信号用途

信号是一种软中断,是一种处理异步事件的方法。一般来说,操作系统都支持许多信号。尤其是UNIX,比较重要应用程序一般都会处理信号。 UNIX定义了许多信号,比如SIGINT表示中断字符信号,也就是Ctrl+C的信号,SIGBUS表示硬件故障的信号;SIGCHLD表示子进程状态改变信号;SIGKILL表示终止程序运行的信号,等等。信号量编程是UNIX下非常重要的一种技术。 Unix信号量也可以

VS Code 调试go程序的相关配置说明

用 VS code 调试Go程序需要在.vscode/launch.json文件中增加如下配置:  // launch.json{// Use IntelliSense to learn about possible attributes.// Hover to view descriptions of existing attributes.// For more information,

Unity Adressables 使用说明(一)概述

使用 Adressables 组织管理 Asset Addressables 包基于 Unity 的 AssetBundles 系统,并提供了一个用户界面来管理您的 AssetBundles。当您使一个资源可寻址(Addressable)时,您可以使用该资源的地址从任何地方加载它。无论资源是在本地应用程序中可用还是存储在远程内容分发网络上,Addressable 系统都会定位并返回该资源。 您

【机器人工具箱Robotics Toolbox开发笔记(二十)】机器人工具箱SerialLink I类函数参数说明

机器人工具箱中的SerialLink表示串联机器人型机器人的具体类。该类使用D-H参数描述,每个关节一组。SerialLink I类包含的参数如表1所示。 表1 SerialLink I类参数 参  数 意    义 参  数 意    义 plot 显示机器人的图形表示 jacobn 工具坐标系中的雅可比矩阵 plot3D 显示机器人3D图形模型 Jacob_dot

context:component-scan使用说明!

<!-- 使用annotation 自动注册bean, 并保证@Required、@Autowired的属性被注入 --> <context:component-scan base-package="com.yuanls"/> 在xml配置了这个标签后,spring可以自动去扫描base-pack下面或者子包下面的java文件,如果扫描到有@Component @Controll